RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP3K3	Q99759	626 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NIPSNAP1	Q9BPW8	284 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC3	Q9BQI4	270 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	WFDC6	Q9BQY6	131 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PELO	Q9BRX2	385 aa	Known RBP	5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	UCK2	Q9BZX2	261 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	YIPF3	Q9GZM5	350 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM45	Q9H8W5	580 aa	Predicted RBP	5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	POLR1B	Q9H9Y6	1135 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF556	Q9HAH1	456 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CXorf21	Q9HAI6	301 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	VCX3A	Q9NNX9	186 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PDE7B	Q9NP56	450 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RLIM	Q9NVW2	624 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PAK1IP1	Q9NWT1	392 aa	Predicted RBP	5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF17	Q9P2E2	1029 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPC4	Q9UBN4	977 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TMCC3	Q9ULS5	477 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF6	Q9Y252	685 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPS33	Q9Y291	106 aa	Known RBP	5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SH3GLB1	Q9Y371	365 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TPRKB	Q9Y3C4	175 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MMACHC	Q9Y4U1	282 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNE3	Q9Y6H6	103 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HEATR5B	Q9P2D3	2071 aa		5.14	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DOCK9	Q9BZ29	2069 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV3D-11	A0A0A0MRZ8	115 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	EME2	A4GXA9	379 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	VGLL3	A8MV65	326 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SGK494	L7N484	410 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	YKT6	O15498	198 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	B4GAT1	O43505	415 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TPST2	O60704	377 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RDH16	O75452	317 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	STX11	O75558	287 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	UGT2B17	O75795	530 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ONECUT2	O95948	504 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GAST	P01350	101 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DBI	P07108	87 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ALOX5	P09917	674 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD34C	P0C6C1	535 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PIP	P12273	146 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TYRP1	P17643	537 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GSTM3	P21266	225 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	AGXT	P21549	392 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PAX7	P23759	505 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CHM	P24386	653 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	LCN1	P31025	176 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXD12	P35452	270 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT20	P35900	424 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC15A1	P46059	708 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	STT3A	P46977	705 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GSS	P48637	474 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF136	P52737	540 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PDX1	P52945	283 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CRISP1	P54107	249 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKAG1	P54619	331 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	UGT2B15	P54855	530 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TPD52	P55327	224 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	C21orf59	P57076	290 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SHC2	P98077	582 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	EFNB1	P98172	346 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IL5RA	Q01344	420 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ROR2	Q01974	943 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DBP	Q10586	325 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PMS2P3	Q13401	168 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SERTAD2	Q14140	314 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	IRF3	Q14653	427 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GRM7	Q14831	915 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	LARS2	Q15031	903 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SEC23B	Q15437	767 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TBCE	Q15813	527 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DECR1	Q16698	335 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CLPP	Q16740	277 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TRMT12	Q53H54	448 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF311	Q5JNZ3	666 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DCST2	Q5T1A1	773 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SYT6	Q5T7P8	510 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2U	Q5VVX9	321 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CD276	Q5ZPR3	534 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PMS2CL	Q68D20	193 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PODNL1	Q6PEZ8	512 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TEPP	Q6URK8	271 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	QSOX2	Q6ZRP7	698 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00299	Q6ZSB3	139 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	C16orf62	Q7Z3J2	963 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF761	Q86XN6	746 aa	Predicted RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RBM45	Q8IUH3	476 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PLXDC1	Q8IUK5	500 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ERI1	Q8IV48	349 aa	Known RBP	5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC35F3	Q8IY50	421 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TAGAP	Q8N103	731 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF619	Q8N2I2	560 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A45	Q8N413	288 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	AQP11	Q8NBQ7	271 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR9Q2	Q8NGE9	314 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR5T3	Q8NGG3	340 aa		5.13	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR6T1	Q8NGN1	323 aa		5.13	□□□□□ -1.59

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