RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000542717.1

CHD4-209, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 4, human

TSL 3

Gene CHD4, Length 204 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD4-209	ENST00000542717	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	DCPS	Q96C86	337 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ERO1A	Q96HE7	468 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	PRO3102	Q9H379	93 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	STAP2	Q9UGK3	403 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	HCN4	Q9Y3Q4	1203 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ADM5	C9JUS6	153 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	PPIP5K2	O43314	1243 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	NPR1	P16066	1061 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	SREBF2	Q12772	1141 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ZNF333	Q96JL9	665 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	FAM161B	Q96MY7	647 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	SETDB2	Q96T68	719 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	PSMD1	Q99460	953 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	EFCC1	Q9HA90	598 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	RTL1	A6NKG5	1358 aa		4.65	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		4.65	□□□□□ -1.66
CHD4-209	ENST00000542717	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	EVI5	O60447	810 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ALDH1B1	P30837	517 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CXCL9	Q07325	125 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	SULF1	Q8IWU6	871 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	SYNGAP1	Q96PV0	1343 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717		A0A087WZG4	1122 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ALDH1A1	P00352	501 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TM4SF4	P48230	202 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	BCAM	P50895	628 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	SAMD7	Q7Z3H4	446 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	MAFA	Q8NHW3	353 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	4.64	□□□□□ -1.67	7e-11	■■■■■ 30.2
CHD4-209	ENST00000542717	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	VCAN	P13611	3396 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	SHTN1	A0MZ66	631 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	RAD17	O75943	681 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TCIRG1	Q13488	830 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TNIP1	Q15025	636 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ARHGEF6	Q15052	776 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	AOC3	Q16853	763 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	MICALL2	Q8IY33	904 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CDCA5	Q96FF9	252 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	GUCD1	Q96NT3	240 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CENPF	P49454	3210 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717		A0A1W2PP64	1363 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	BRCA2	P51587	3418 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	TTC28	Q96AY4	2481 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	FAM177B	A6PVY3	158 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	MTHFS	P49914	203 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-209	ENST00000542717	FKBP1B	P68106	108 aa		4.62	□□□□□ -1.67

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.8 ms