RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF521	Q96K83	1311 aa		9.38	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		9.38	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	9.38	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ARHGAP29	Q52LW3	1261 aa		9.38	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TMC6	Q7Z403	805 aa		9.38	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ZHX3	Q9H4I2	956 aa		9.38	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ZFYVE9	O95405	1425 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	STIM1	Q13586	685 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CNNM3	Q8NE01	707 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	FAM200A	Q8TCP9	573 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ERCC4	Q92889	916 aa	Predicted RBP	9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC43	Q96MW1	224 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SLC12A7	Q9Y666	1083 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ERICH4	A6NGS2	130 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	STX1A	Q16623	288 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193		Q6ZUG5	572 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SSB	P05455	408 aa	Known RBP eCLIP	9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	MAP3K12	Q12852	859 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		9.37	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	DYNC1I1	O14576	645 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KRT18	P05783	430 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CHST3	Q7LGC8	479 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TMX1	Q9H3N1	280 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KIF2A	O00139	706 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	DEF6	Q9H4E7	631 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	MBD5	Q9P267	1494 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SOGA3	Q5TF21	947 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TANGO6	Q9C0B7	1094 aa		9.36	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	HSP90AA4P	Q58FG1	418 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TMCO3	Q6UWJ1	677 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TYRO3	Q06418	890 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TMEM67	Q5HYA8	995 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	TTC41P	Q6P2S7	1318 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	PRIMPOL	Q96LW4	560 aa		9.35	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	NCOA7	Q8NI08	942 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CEP131	Q9UPN4	1083 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ZSCAN12	O43309	604 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	ERLIN1	O75477	346 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	HOXC9	P31274	260 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	LEKR1	Q6ZMV7	388 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CHAMP1	Q96JM3	812 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CWC15	Q9P013	229 aa	Known RBP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	NEMF	O60524	1076 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KIF4B	Q2VIQ3	1234 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	IGF2BP2	Q9Y6M1	599 aa	Known RBP eCLIP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	MAP3K5	Q99683	1374 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	SKIL	P12757	684 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	KCNA6	P17658	529 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	MARCKS	P29966	332 aa	Predicted RBP	9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	GSDMD	P57764	484 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	PKP1	Q13835	747 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	LGR6	Q9HBX8	967 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		9.34	□□□□□ -0.91
NEK1-208	ENST00000512193	CAVIN2	O95810	425 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	LUZP1	Q86V48	1076 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	KDM5C	P41229	1560 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	FAM193A	P78312	1265 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	APOBR	Q0VD83	1088 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	IQCA1	Q86XH1	822 aa		9.33	□□□□□ -0.92
NEK1-208	ENST00000512193	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	9.33	□□□□□ -0.92

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