RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-215ENST00000478473 IL16Q14005 1332 aa30.39■■■□□ 2.46
C9orf3-215ENST00000478473 AIMP1Q12904 312 aaKnown RBP30.38■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 NLRP10Q86W26 655 aa30.38■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 CHMP4AQ9BY43 222 aa30.38■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 KDM2BQ8NHM5 1336 aa30.38■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa30.37■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 C8orf58Q8NAV2 365 aa30.37■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP30.37■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 TAOK3Q9H2K8 898 aa30.37■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 SNED1Q8TER0 1413 aa30.36■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC93Q567U6 631 aa30.35■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 NMRK2Q9NPI5 230 aa30.35■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 CACNA1SQ13698 1873 aa30.35■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 DICER1Q9UPY3 1922 aaKnown RBP30.34■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa30.34■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 CRAMP1Q96RY5 1269 aa30.34■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 ISCA1Q9BUE6 129 aa30.34■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP30.34■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP30.33■■■□□ 2.45
C9orf3-215ENST00000478473 GLTPD2A6NH11 291 aa30.32■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 TOMM70O94826 608 aa30.32■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 RTKN2Q8IZC4 609 aa30.32■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 TIAM2Q8IVF5 1701 aa30.31■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa30.31■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 NLRP3Q96P20 1036 aa30.31■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 C3orf67Q6ZVT6 689 aa30.3■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP30.3■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 ELL2O00472 640 aaPredicted RBP30.29■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP30.29■■■□□ 2.443e-6■■□□□ 13.3
C9orf3-215ENST00000478473 WDR63Q8IWG1 891 aa30.29■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 TSPYL6Q8N831 410 aa30.29■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 SH3TC1Q8TE82 1336 aa30.28■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 GRIPAP1Q4V328 841 aa30.28■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC30Q5VVM6 783 aa30.28■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP30.28■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 TSR2Q969E8 191 aaKnown RBP30.27■■■□□ 2.44
C9orf3-215ENST00000478473 PSMD1Q99460 953 aa30.26■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 PHAXQ9H814 394 aaKnown RBP30.26■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP30.26■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa30.25■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 OLFM4Q6UX06 510 aa30.25■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 RBM46Q8TBY0 533 aaKnown RBP30.24■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 RRAGCQ9HB90 399 aa30.24■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 GOLGA2Q08379 1002 aa30.23■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 DPY19L2Q6NUT2 758 aa30.23■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 SYNE4Q8N205 404 aa30.23■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 HSPA6P17066 643 aa30.22■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 WDR90Q96KV7 1748 aa30.22■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 LAMB2P55268 1798 aa30.2■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa30.2■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP30.2■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 VEGFAP15692 232 aaPredicted RBP30.2■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP30.2■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 RIC3Q7Z5B4 369 aa30.2■■■□□ 2.43
C9orf3-215ENST00000478473 FANCIQ9NVI1 1328 aa30.2■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 POTECB2RU33 542 aa30.19■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP30.19■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa30.19■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 ABCC4O15439 1325 aa30.19■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 CEP350Q5VT06 3117 aa30.18■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 BBOX1O75936 387 aa30.18■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 DDX58O95786 925 aaKnown RBP30.18■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 SF3B3Q15393 1217 aaKnown RBP30.18■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 FAM9BQ8IZU0 186 aa30.18■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP30.18■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 DDX60Q8IY21 1712 aaKnown RBP30.17■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 IARSP41252 1262 aaKnown RBP30.17■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 FSTL1Q12841 308 aa30.17■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC191Q8NCU4 936 aa30.17■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 C16orf71Q8IYS4 520 aaPredicted RBP30.16■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 FAM89AQ96GI7 184 aa30.16■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP30.16■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 ZBTB38Q8NAP3 1195 aaPredicted RBP30.15■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 STK31Q9BXU1 1019 aa30.15■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 FZD9O00144 591 aa30.14■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 KSR2Q6VAB6 950 aa30.14■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 SP8Q8IXZ3 490 aa30.14■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 L3MBTL3Q96JM7 780 aaPredicted RBP30.14■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 VPS33BQ9H267 617 aa30.14■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF521Q96K83 1311 aa30.14■■■□□ 2.42
C9orf3-215ENST00000478473 GRAPQ13588 217 aa30.13■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP30.13■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 TMC4Q7Z404 712 aa30.13■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 GRAPLQ8TC17 118 aaPredicted RBP30.13■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 RTFDC1Q9BY42 306 aaPredicted RBP30.13■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 VAMP4O75379 141 aa30.12■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 MYD88Q99836 296 aa30.12■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP30.12■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 DDNO94850 711 aaPredicted RBP30.11■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 PCCAP05165 728 aaPredicted RBP30.11■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP30.11■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 IRS4O14654 1257 aaPredicted RBP30.1■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP30.1■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 SLC51AQ86UW1 340 aa30.1■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa30.1■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 PI4KAP2A4QPH2 592 aa30.09■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 CACNA1FO60840 1977 aa30.09■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 SLC4A2P04920 1241 aa30.09■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 PI4KAP1Q8N8J0 262 aa30.09■■■□□ 2.41
C9orf3-215ENST00000478473 CWC25Q9NXE8 425 aaPredicted RBP30.09■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.8 ms