RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000340958.3

CLDN4-201, Transcript of claudin 4, humanhuman

APPRIS P1 BASIC

Gene CLDN4, Length 1,831 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN4-201ENST00000340958 RLIMQ9NVW2 624 aa16.04■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 RAB26Q9ULW5 256 aa16.04■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 DPM1O60762 260 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 UGT2B17O75795 530 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 HPGDP15428 266 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TCN2P20062 427 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 DRD5P21918 477 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 NR0B1P51843 470 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 MED21Q13503 144 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 EBPQ15125 230 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 IQCCQ4KMZ1 466 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 FAM69BQ5VUD6 431 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 ZNF836Q6ZNA1 936 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TMPRSS7Q7RTY8 843 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TSEN54Q7Z6J9 526 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 C9orf40Q8IXQ3 194 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 CLIP4Q8N3C7 705 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 ATG16L2Q8NAA4 619 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 OR6T1Q8NGN1 323 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 EFHD2Q96C19 240 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 FNDC11Q9BVV2 318 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 OSBPL11Q9BXB4 747 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 WWTR1Q9GZV5 400 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 NXF5Q9H1B4 397 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 SMPD3Q9NY59 655 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 LRCH1Q9Y2L9 728 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 AP4B1Q9Y6B7 739 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 FREM2Q5SZK8 3169 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 CDC14CA4D256 554 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 C7orf72A4D263 438 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 CLDN24A6NM45 220 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 C9orf172C9J069 976 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 AP3D1O14617 1153 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 FRS3O43559 492 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 IGKV1D-16P01601 117 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 NID1P14543 1247 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 IL12BP29460 328 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 SMIM11AP58511 58 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TARDBPQ13148 414 aaKnown RBP eCLIP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 MAPK14Q16539 360 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 FGD3Q5JSP0 725 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 COLEC12Q5KU26 742 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 PDZK1Q5T2W1 519 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TMEM205Q6UW68 189 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 ZAR1Q86SH2 424 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 COMTD1Q86VU5 262 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 OR4D11Q8NGI4 311 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 APOBEC4Q8WW27 367 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 CYGBQ8WWM9 190 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 NRBF2Q96F24 287 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 MESP1Q9BRJ9 268 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 RSPO3Q9BXY4 272 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 NRSN2Q9GZP1 204 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TMCC3Q9ULS5 477 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 LYVE1Q9Y5Y7 322 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 KIF26BQ2KJY2 2108 aa16.03■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 CENPVL1A0A0U1RR11 272 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 REM1O75628 298 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TNFSF15O95150 251 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 HPRP00739 348 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TAS2R41P59536 307 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 PIN1Q13526 163 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 BLMHQ13867 455 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 EXOC3L2Q2M3D2 409 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 MRPL2Q5T653 305 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 TCTN3Q6NUS6 607 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 ZNF517Q6ZMY9 492 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 PRR22Q8IZ63 422 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 GALNT15Q8N3T1 639 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 OR2Y1Q8NGV0 311 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 ADIPOR1Q96A54 375 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 VMP1Q96GC9 406 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 ARHGDIGQ99819 225 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 WFDC6Q9BQY6 131 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 CTPS2Q9NRF8 586 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 PCDHGA3Q9Y5H0 932 aa16.02■□□□□ 0.16
CLDN4-201ENST00000340958 EPPINO95925 133 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 ALPLP05186 524 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 H1F0P07305 194 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 GUSBP08236 651 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 NRG3P56975 720 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 EEF1A1P68104 462 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 RNF4P78317 190 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 PLCXD2Q0VAA5 305 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 ZIK1Q3SY52 487 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 RANBP3LQ86VV4 465 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 TMPRSS12Q86WS5 348 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 ESX1Q8N693 406 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 ZNF527Q8NB42 609 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 GIPC3Q8TF64 312 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 OSBPL10Q9BXB5 764 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 NMNAT1Q9HAN9 279 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 ST6GALNAC1Q9NSC7 600 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 FOXJ2Q9P0K8 574 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 TRBV11-1A0A0K0K1C0 115 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 TPST2O60704 377 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 SMNDC1O75940 238 aaKnown RBP eCLIP16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 CCNB2O95067 398 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 THRBP10828 461 aa16.01■□□□□ 0.15
CLDN4-201ENST00000340958 RPS4Y1P22090 263 aaKnown RBP16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.3 ms