RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	CDK2AP1	O14519	115 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	PEX1	O43933	1283 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	HP	P00738	406 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	ITGA2	P17301	1181 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	ENDOU	P21128	410 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	PNLIPRP2	P54317	469 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	FOXL2	P58012	376 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	HPCA	P84074	193 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP6AP1	Q15904	470 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	SNCB	Q16143	134 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	CRTC2	Q53ET0	693 aa	Predicted RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	WDR53	Q7Z5U6	358 aa	Predicted RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	GRAMD2A	Q8IUY3	354 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	CMIP	Q8IY22	773 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	KBTBD2	Q8IY47	623 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	LILRA2	Q8N149	483 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	OR52P1P	Q8NH57	321 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	GEMIN6	Q8WXD5	167 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	DIO2	Q92813	273 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	ZG16B	Q96DA0	208 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC47A1	Q96FL8	570 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	CENPN	Q96H22	339 aa	Predicted RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	HSH2D	Q96JZ2	352 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF347	Q96SE7	839 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	NXF5	Q9H1B4	397 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC86	Q9H6F5	360 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	DNAJB9	Q9UBS3	223 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	SEC14L3	Q9UDX4	400 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	RIMS3	Q9UJD0	308 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	AURKC	Q9UQB9	309 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	IGF2R	P11717	2491 aa		11.78	□□□□□ -0.52
TRAF4-208	ENST00000469529	NUP210L	Q5VU65	1888 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	IGHV3-20	A0A0C4DH32	117 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	LOC101059948	A0A1B0GTJ6	334 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	CLOCK	O15516	846 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TSPAN2	O60636	221 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ABCB7	O75027	752 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	DEAF1	O75398	565 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF682	O95780	498 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	IGKV1D-16	P01601	117 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ALPP	P05187	535 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	LIPC	P11150	499 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	F8A1	P23610	371 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	AQP1	P29972	269 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	DLST	P36957	453 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	HMGA2	P52926	109 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP12A	P54707	1039 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	LARS2	Q15031	903 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	RPS26P11	Q5JNZ5	115 aa	Predicted RBP	11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF220	Q5VTB9	566 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	H3F3C	Q6NXT2	135 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TSEN54	Q7Z6J9	526 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TAGAP	Q8N103	731 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC34A3	Q8N130	599 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	GPR32P1	Q8NGA4	272 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	OR4N2	Q8NGD1	307 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	PROX1	Q92786	737 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	C8orf44	Q96CB5	159 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF31	Q96EP0	1072 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	SEPHS2	Q99611	448 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	PKP2	Q99959	881 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	BDH2	Q9BUT1	245 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	OSBPL10	Q9BXB5	764 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ARMC7	Q9H6L4	198 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	C8orf4	Q9NR00	106 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	UBQLN4	Q9NRR5	601 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO34	Q9NWN3	711 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	MYOT	Q9UBF9	498 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNE5	Q9UJ90	142 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	CNOT11	Q9UKZ1	510 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	MKLN1	Q9UL63	735 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	OR10H1	Q9Y4A9	318 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	CHST2	Q9Y4C5	530 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	KIF26B	Q2KJY2	2108 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	SPEG	Q15772	3267 aa		11.77	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TRABD2B	A6NFA1	517 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	PRAMEF25	A6NGN4	478 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	OR6C70	A6NIJ9	312 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529		H0Y3Z8	333 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TAF4	O00268	1085 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TPST1	O60507	370 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	UGT2B17	O75795	530 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	SEC24D	O94855	1032 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	LDLR	P01130	860 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	FABP3	P05413	133 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	NID1	P14543	1247 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	RHCE	P18577	417 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP6V1C1	P21283	382 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	TBXA2R	P21731	343 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ERF	P50548	548 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	EEF1A1	P68104	462 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	CHAF1B	Q13112	559 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	KLHL26	Q53HC5	615 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF311	Q5JNZ3	666 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	JMJD6	Q6NYC1	403 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	VTCN1	Q7Z7D3	282 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB43	Q86YS6	212 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	ZDHHC21	Q8IVQ6	265 aa		11.76	□□□□□ -0.53
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF138	Q8WVD3	245 aa		11.76	□□□□□ -0.53

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