RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271	HLF	Q16534	295 aa		28.03	■■■□□ 2.08
NME3-210	ENST00000567271	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NME3-210	ENST00000567271	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NME3-210	ENST00000567271	SETDB2	Q96T68	719 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NME3-210	ENST00000567271	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NME3-210	ENST00000567271	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		28.02	■■■□□ 2.08
NME3-210	ENST00000567271	TGFB2	P61812	414 aa		28.01	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	ZNF521	Q96K83	1311 aa		28	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	TSPYL6	Q8N831	410 aa		28	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		27.99	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		27.99	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		27.99	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	27.99	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	27.98	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	COPS6	Q7L5N1	327 aa		27.98	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		27.98	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		27.97	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		27.96	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	GPR162	Q16538	588 aa		27.96	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		27.96	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	27.96	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271	UTRN	P46939	3433 aa		27.95	■■■□□ 2.07
NME3-210	ENST00000567271		A0A0G2JLW4	131 aa		27.95	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	GOLGA2	Q08379	1002 aa		27.95	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	27.95	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		27.95	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	HYPK	Q9NX55	129 aa		27.95	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	27.95	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	DPEP1	P16444	411 aa		27.94	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	27.94	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		27.94	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		27.94	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	ATP10D	Q9P241	1426 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	CNBD1	Q8NA66	436 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	NUP98	P52948	1817 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	27.91	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	KCNA3	P22001	575 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	NBPF5P	Q86XG9	351 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	27.9	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	27.9	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-210	ENST00000567271	NPHP1	O15259	732 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	GPT	P24298	496 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	CHRNA5	P30532	468 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	FAM177B	A6PVY3	158 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	VAMP4	O75379	141 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	ST5	P78524	1137 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	GRIN3B	O60391	1043 aa		27.86	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		27.86	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	PIM2	Q9P1W9	311 aa		27.86	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	PDE6B	P35913	854 aa		27.85	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	STK31	Q9BXU1	1019 aa		27.85	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271		E9PSI1	815 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	TCIRG1	Q13488	830 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	PARP10	Q53GL7	1025 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	SUSD4	Q5VX71	490 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	NYX	Q9GZU5	481 aa		27.84	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271		H0YIN7	160 aa		27.83	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	SLFN5	Q08AF3	891 aa		27.83	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		27.83	■■■□□ 2.05
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		27.83	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	BCS1L	Q9Y276	419 aa		27.82	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	SLC4A2	P04920	1241 aa		27.81	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	27.8	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		27.8	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	NTSR2	O95665	410 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	NLRP10	Q86W26	655 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		27.79	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	27.78	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	ERFE	Q4G0M1	354 aa		27.78	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	G2E3	Q7L622	706 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		27.77	■■■□□ 2.04
NME3-210	ENST00000567271	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	SRGN	P10124	158 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		27.76	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	ABCC12	Q96J65	1359 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	TTLL6	Q8N841	843 aa		27.75	■■■□□ 2.03
NME3-210	ENST00000567271	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	27.75	■■■□□ 2.03

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