RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496567.5

C9orf3-222, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 5

Gene C9orf3, Length 1,575 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-222	ENST00000496567	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		27.74	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		27.73	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	MSH5	O43196	834 aa		27.73	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		27.73	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	C4A	P0C0L4	1744 aa		27.73	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	KSR2	Q6VAB6	950 aa		27.72	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		27.72	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		27.72	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	RGL2	O15211	777 aa		27.71	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	CAMTA2	O94983	1202 aa		27.71	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		27.71	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	27.7	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		27.7	■■■□□ 2.03
C9orf3-222	ENST00000496567	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		27.68	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	SCN7A	Q01118	1682 aa		27.67	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		27.67	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	ADCY9	O60503	1353 aa		27.67	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		27.66	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		27.66	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		27.66	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		27.66	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	HLF	Q16534	295 aa		27.65	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	GYS1	P13807	737 aa		27.65	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		27.65	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		27.64	■■■□□ 2.02
C9orf3-222	ENST00000496567	METTL22	Q9BUU2	404 aa	Predicted RBP	27.64	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567		F6X3S4	739 aa		27.63	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		27.63	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		27.63	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	NUP98	P52948	1817 aa		27.63	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	TRIM27	P14373	513 aa		27.62	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	TCIRG1	Q13488	830 aa		27.62	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	MS4A1	P11836	297 aa		27.61	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	FKBP8	Q14318	412 aa		27.6	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		27.6	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	MYD88	Q99836	296 aa		27.6	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	ATP10D	Q9P241	1426 aa		27.6	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	CASZ1	Q86V15	1759 aa		27.6	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	PLIN1	O60240	522 aa		27.59	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	27.59	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		27.58	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		27.58	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	NIP7	Q9Y221	180 aa	Known RBP eCLIP	27.58	■■■□□ 2.01
C9orf3-222	ENST00000496567	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	LINS1	Q8NG48	757 aa		27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	SETDB2	Q96T68	719 aa		27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	ABCC4	O15439	1325 aa		27.57	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	BEND3	Q5T5X7	828 aa		27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	PARP10	Q53GL7	1025 aa		27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	MTFR1L	Q9H019	292 aa		27.56	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		27.55	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	GPT	P24298	496 aa		27.55	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	NFIX	Q14938	502 aa		27.55	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	MSL1	Q68DK7	614 aa		27.55	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		27.55	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	SRCIN1	Q9C0H9	1055 aa		27.55	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	IGKV5-2	P06315	115 aa		27.54	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	TM4SF1	P30408	202 aa		27.54	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	PDE3A	Q14432	1141 aa		27.54	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		27.54	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	TNN	Q9UQP3	1299 aa		27.54	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	ALDH1L1	O75891	902 aa		27.53	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		27.53	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		27.52	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	ZBTB7A	O95365	584 aa		27.52	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	NLRP10	Q86W26	655 aa		27.52	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
C9orf3-222	ENST00000496567	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		27.51	■■□□□ 1.99
C9orf3-222	ENST00000496567	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		27.51	■■□□□ 1.99
C9orf3-222	ENST00000496567	MMP10	P09238	476 aa		27.5	■■□□□ 1.99
C9orf3-222	ENST00000496567	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	27.49	■■□□□ 1.99
C9orf3-222	ENST00000496567	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	27.49	■■□□□ 1.99
C9orf3-222	ENST00000496567	RLBP1	P12271	317 aa		27.49	■■□□□ 1.99
C9orf3-222	ENST00000496567	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		27.49	■■□□□ 1.99

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