RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 A0A1W2PS29 197 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 C17orf105B2RV13 164 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GPR75O95800 540 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ENO1P06733 434 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NAA20P61599 178 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SRSF1Q07955 248 aaKnown RBP eCLIP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CSTF3Q12996 717 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CCNYL2Q5T2Q4 361 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PAGE2Q7Z2X7 111 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ZNF227Q86WZ6 799 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ARFGAP2Q8N6H7 521 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 C1orf52Q8N6N3 182 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLC2A12Q8TD20 617 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TCP10LQ8TDR4 215 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CHTF18Q8WVB6 975 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FAM111AQ96PZ2 611 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 UTP23Q9BRU9 249 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HES7Q9BYE0 225 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ACPTQ9BZG2 426 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 LIN28AQ9H9Z2 209 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ABI3Q9P2A4 366 aa14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 RRP15Q9Y3B9 282 aaKnown RBP14.73□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ARHGAP10A1A4S6 786 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PRAMEF2O60811 474 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NEURL1O76050 574 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TNNI3P19429 210 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HMGCS1Q01581 520 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MRPL49Q13405 166 aaKnown RBP14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 OR1C1Q15619 314 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NDUFAF5Q5TEU4 345 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SPINK14Q6IE38 97 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SCIMPQ6UWF3 145 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 C16orf47Q6ZP98 133 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ZNF721Q8TF20 911 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 FAR1Q8WVX9 515 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PGM2Q96G03 612 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 DGAT2Q96PD7 388 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GATA5Q9BWX5 397 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 OR8D2Q9GZM6 311 aa14.72□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SERTM1A2A2V5 107 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HRKO00198 91 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 RGS16O15492 202 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TRIM13O60858 407 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CBX6O95503 412 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ALOX15P16050 662 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SERPINB3P29508 390 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ALDH3A1P30838 453 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MAPK12P53778 367 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GNGT1P63211 74 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 RAE1P78406 368 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 BIKQ13323 160 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NR6A1Q15406 480 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ZNF766Q5HY98 468 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CFAP157Q5JU67 520 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 ST13P4Q8IZP2 240 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MMP21Q8N119 569 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 GBP7Q8N8V2 638 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 C7orf57Q8NEG2 295 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 DOK4Q8TEW6 326 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TM4SF18Q96CE8 201 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 C11orf24Q96F05 449 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SCMH1Q96GD3 660 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 APIPQ96GX9 242 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 RBM18Q96H35 190 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MECRQ9BV79 373 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 SHCBP1LQ9BZQ2 653 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 IQCGQ9H095 443 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 TRIM45Q9H8W5 580 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 WDR41Q9HAD4 459 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 NMRK1Q9NWW6 199 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 LRFN1Q9P244 771 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 MID2Q9UJV3 735 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 PCDHGB6Q9Y5F9 930 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 HIVEP3Q5T1R4 2406 aa14.71□□□□□ -0.05
CLN3-201ENST00000333496 CLEC18AA5D8T8 446 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 TYROBPO43914 113 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 ITGA10O75578 1167 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 ZFAND5O76080 213 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 IGKV3-11P04433 115 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 TRHRP34981 398 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 PLIN5Q00G26 463 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 OC90Q02509 493 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 SRSF11Q05519 484 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 ZNF324BQ6AW86 544 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 OR52E8Q6IFG1 317 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 CLEC18BQ6UXF7 455 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 CLEC18CQ8NCF0 446 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 SUN3Q8TAQ9 357 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 SREK1Q8WXA9 508 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 SENP5Q96HI0 755 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 SMC6Q96SB8 1091 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 AGPAT4Q9NRZ5 378 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 CES1P1Q9UKY3 287 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 CDK2AP1O14519 115 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 FCHO1O14526 889 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 COX7A2P14406 83 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 HLCSP50747 726 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 HK2P52789 917 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 RNF4P78317 190 aa14.7□□□□□ -0.06
CLN3-201ENST00000333496 INAQ16352 499 aa14.7□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 74.4 ms