RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	SEC22B	O75396	215 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ATP6AP2	O75787	350 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	DKK1	O94907	266 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SEMA3D	O95025	777 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	HBQ1	P09105	142 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF888	P0CJ79	500 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ALOX15	P16050	662 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SSR2	P43308	183 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	GABRA4	P48169	554 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	PLA2G16	P53816	162 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CLDN6	P56747	220 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	RPL38	P63173	70 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SF3A3	Q12874	501 aa	Known RBP eCLIP	11.33	□□□□□ -0.6	5e-6	■■■□□ 16.6
DDB1-223	ENST00000543658	IL11RA	Q14626	422 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	HERC3	Q15034	1050 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	MUM1	Q2TAK8	710 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	HKDC1	Q2TB90	917 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	AP5B1	Q2VPB7	878 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	UGT3A2	Q3SY77	523 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	XKR7	Q5GH72	579 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	C3orf38	Q5JPI3	329 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	DEPDC1	Q5TB30	811 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM164	Q5U3C3	297 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	YOD1	Q5VVQ6	348 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	GARNL3	Q5VVW2	1013 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	FAM219B	Q5XKK7	198 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CEACAM20	Q6UY09	585 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SPATA21	Q7Z572	469 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	VN1R5	Q7Z5H4	357 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	FNDC5	Q8NAU1	212 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	OR2L5	Q8NG80	312 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	OR1L3	Q8NH93	324 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	WDR36	Q8NI36	951 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CREB3L4	Q8TEY5	395 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ADAMTS14	Q8WXS8	1223 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF501	Q96CX3	271 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TM4SF19	Q96DZ7	209 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	QRFPR	Q96P65	431 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	KCNC2	Q96PR1	638 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	F2RL3	Q96RI0	385 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ELAC2	Q9BQ52	826 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	MACROD1	Q9BQ69	325 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM120A	Q9BXJ8	343 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SLC6A16	Q9GZN6	736 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TUBB1	Q9H4B7	451 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	RABEP2	Q9H5N1	569 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ANKH	Q9HCJ1	492 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TCF7L2	Q9NQB0	619 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	STARD5	Q9NSY2	213 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	C1orf109	Q9NX04	203 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	OCIAD1	Q9NX40	245 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SIDT1	Q9NXL6	827 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	PISD	Q9UG56	409 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	NDOR1	Q9UHB4	597 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TMED5	Q9Y3A6	229 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	PTPRZ1	P23471	2315 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	GVINP1	Q7Z2Y8	2422 aa		11.33	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CROCC	Q5TZA2	2017 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SCN2A	Q99250	2005 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	HYKK	A2RU49	373 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	DCDC2B	A2VCK2	349 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	LRIT2	A6NDA9	550 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658		B4E171	279 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SDHD	O14521	159 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	HCRTR1	O43613	425 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	PEX11A	O75192	247 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SCRG1	O75711	98 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	JUN	P05412	331 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	LBP	P18428	481 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	DRD4	P21917	467 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	EPHA3	P29320	983 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	HNRNPH1	P31943	449 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TSPAN7	P41732	249 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	AVPR1B	P47901	424 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ARFIP1	P53367	373 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	MC2R	Q01718	297 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SLC9B1	Q4ZJI4	515 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	DCAF12	Q5T6F0	453 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	VWA5B1	Q5TIE3	1220 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	EPGN	Q6UW88	154 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	NUDT13	Q86X67	352 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CACTIN-AS1	Q8N1I8	211 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	KCT2	Q8NC54	265 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CEP70	Q8NHQ1	597 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	RFWD2	Q8NHY2	731 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	MS4A6E	Q96DS6	147 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CLIP3	Q96DZ5	547 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	METTL2A	Q96IZ6	378 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	C17orf62	Q9BQA9	187 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ZPBP	Q9BS86	351 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TBCD	Q9BTW9	1192 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	MRPL1	Q9BYD6	325 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	SPRTN	Q9H040	489 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	FBXO8	Q9NRD0	319 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	CUTC	Q9NTM9	273 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM33	Q9UPN9	1127 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	EIF3L	Q9Y262	564 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF292	O60281	2723 aa		11.32	□□□□□ -0.6
DDB1-223	ENST00000543658	GNG14	A0A1W2PPG7	69 aa		11.31	□□□□□ -0.6

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.2 ms