RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RUNDC3A	Q59EK9	446 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DEPDC1	Q5TB30	811 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KHDRBS2	Q5VWX1	349 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OR4F3	Q6IEY1	312 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LCN8	Q6JVE9	175 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADCK2	Q7Z695	626 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TMEM132C	Q8N3T6	1108 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OR2L3	Q8NG85	312 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DUS3L	Q96G46	650 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PAIP1	Q9H074	479 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GMPR2	Q9P2T1	348 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NEUROG3	Q9Y4Z2	214 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRBC2	A0A5B9	178 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FEZF1	A0PJY2	475 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C19orf67	A6NJJ6	358 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AQP12B	A6NM10	295 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OR1F1	O43749	312 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CD27	P26842	260 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GSTM2	P28161	218 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RPL3	P39023	403 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RPS9	P46781	194 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRPC1	P48995	793 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HKDC1	Q2TB90	917 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AASDH	Q4L235	1098 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IYD	Q6PHW0	289 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC9B2	Q86UD5	537 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AQP12A	Q8IXF9	295 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TBC1D19	Q8N5T2	526 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GOLM1	Q8NBJ4	401 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PJA1	Q8NG27	643 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OR7A2P	Q8NGA2	310 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC22A18	Q96BI1	424 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC6A18	Q96N87	628 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	REXO4	Q9GZR2	422 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C6orf203	Q9P0P8	240 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C15orf41	Q9Y2V0	281 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PLXND1	Q9Y4D7	1925 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CROCC	Q5TZA2	2017 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRBV5-3	A0A0A0MS03	114 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IGKV1-8	A0A0C4DH67	115 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OR5K4	A6NMS3	321 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STK25	O00506	426 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CHRM5	P08912	532 aa	Predicted RBP	27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PEBP1	P30086	187 aa	Known RBP	27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	WLS	Q5T9L3	541 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PARG	Q86W56	976 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IFNE	Q86WN2	208 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OR4E2	Q8NGC2	313 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GBP5	Q96PP8	586 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ECSIT	Q9BQ95	431 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SRMS	Q9H3Y6	488 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TAAR2	Q9P1P5	351 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SNX13	Q9Y5W8	968 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HEATR5B	Q9P2D3	2071 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SAP18	O00422	153 aa	Known RBP	27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CLEC3A	O75596	197 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MTPN	P58546	118 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CYP4F3	Q08477	520 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FXN	Q16595	210 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CPTP	Q5TA50	214 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CYP2R1	Q6VVX0	501 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	R3HCC1L	Q7Z5L2	792 aa	Known RBP	27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRIM48	Q8IWZ4	208 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	WDR48	Q8TAF3	677 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PUM2	Q8TB72	1066 aa	Known RBP eCLIP	27.89	■■■□□ 2.06	6e-11	■■■■■ 32.3
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CENPK	Q9BS16	269 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DUSP26	Q9BV47	211 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYNN	Q9NPC7	610 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC25A37	Q9NYZ2	338 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EGFL7	Q9UHF1	273 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PCDHB14	Q9Y5E9	798 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ISM1	B1AKI9	464 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RFXANK	O14593	260 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CTSE	P14091	401 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LRRC74A	Q0VAA2	488 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SELPLG	Q14242	412 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DUOXA1	Q1HG43	343 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ANXA8L1	Q5VT79	327 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RNF111	Q6ZNA4	994 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PAGE2	Q7Z2X7	111 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PROSER1	Q86XN7	944 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MSRB3	Q8IXL7	192 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PQLC1	Q8N2U9	271 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MFSD2A	Q8NA29	543 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VPS37A	Q8NEZ2	397 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TCEAL2	Q9H3H9	227 aa	Predicted RBP	27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	REEP4	Q9H6H4	257 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC6A20	Q9NP91	592 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	POT1	Q9NUX5	634 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPHK1	Q9NYA1	384 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ATP6V1H	Q9UI12	483 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KLF15	Q9UIH9	416 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PCDHB3	Q9Y5E6	796 aa		27.89	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRBV23OR9-2	A0A075B6M9	112 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GABRR3	A8MPY1	467 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARPC2	O15144	300 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NVL	O15381	856 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TBX6	O95947	436 aa	Predicted RBP	27.88	■■■□□ 2.05
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ATP6V1B2	P21281	511 aa		27.88	■■■□□ 2.05

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