RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	SCN1B	Q07699	218 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MOG	Q16653	247 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DECR1	Q16698	335 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PLEKHG6	Q3KR16	790 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CHERP	Q8IWX8	916 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MEIOB	Q8N635	442 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PXYLP1	Q8TE99	480 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC29A3	Q9BZD2	475 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF358	Q9NW07	568 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MARK1	Q9P0L2	795 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FZD4	Q9ULV1	537 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KCTD3	Q9Y597	815 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM221B	A6H8Z2	402 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP8	O43823	692 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GJB5	O95377	273 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PIK3CB	P42338	1070 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS21	P63220	83 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HSF2	Q03933	536 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SEMA3A	Q14563	771 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF423	Q2M1K9	1284 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC39A5	Q6ZMH5	540 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RY8	Q86VZ1	359 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR62	Q9BZJ7	368 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FLRT1	Q9NZU1	646 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ANXA2P2	A6NMY6	339 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	WASHC1	A8K0Z3	465 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	WASH3P	C4AMC7	463 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KHNYN	O15037	678 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LAMTOR5	O43504	91 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ANXA2	P07355	339 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	YES1	P07947	543 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GDI2	P50395	445 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	WASH2P	Q6VEQ5	465 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IQCF2	Q8IXL9	164 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5M3	Q8NGP4	307 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM125	Q96AQ2	219 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TEPSIN	Q96N21	525 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF641	Q96N77	438 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MAGEE1	Q9HCI5	957 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	VSTM5	A8MXK1	200 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CPNE3	O75131	537 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	JUN	P05412	331 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF805	Q5CZA5	627 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AGTRAP	Q6RW13	159 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C10orf82	Q8WW14	230 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MLX	Q9UH92	298 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHGB5	Q9Y5G0	923 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	WRB	O00258	174 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MAN2B1	O00754	1011 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	POLR2C	P19387	275 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SP140	Q13342	867 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	USP30	Q70CQ3	517 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C12orf40	Q86WS4	652 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR9A1P	Q8NGU1	263 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PCYT2	Q99447	389 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	EPYC	Q99645	322 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	POLR2J3	Q9H1A7	115 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHGB7	Q9Y5F8	929 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TMIGD1	Q6UXZ0	262 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FNDC8	Q8TC99	324 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZSWIM3	Q96MP5	696 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF317	Q96PQ6	595 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	B3GAT2	Q9NPZ5	323 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HEPACAM2	A8MVW5	462 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC22A2	O15244	555 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC3A	O75596	197 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RAP2A	P10114	183 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CREB5	Q02930	508 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNJ11	Q14654	390 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLGA7	Q7Z5G4	137 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPS	Q8N2Z9	138 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC54	Q8NEL0	328 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM240B	A0A1B0GVZ2	78 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1W2PP55	124 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM3	O75382	744 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	HEXB	P07686	556 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	PREP	P48147	710 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	VEGFB	P49765	207 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2B6	P58173	313 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	OGDH	Q02218	1023 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF33A	Q06730	810 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM115	Q12893	351 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM44	Q2T9K0	475 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4F3	Q6IEY1	312 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	PLEKHO2	Q8TD55	490 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHL6	Q8WZ60	621 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	MR1	Q95460	341 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC3	Q9BY71	257 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	GPN1	Q9HCN4	374 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC730098	B7Z3J9	87 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	ENG	P17813	658 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	RIPPLY1	Q0D2K3	151 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	PTCHD3	Q3KNS1	767 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447		Q6ZVL8	140 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	KBTBD6	Q86V97	674 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	LNX2	Q8N448	690 aa		12.77	□□□□□ -0.37
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPV1	Q8NER1	839 aa		12.77	□□□□□ -0.37

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