RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558155.1

SPG11-208, Transcript of SPG11, spatacsin vesicle trafficking associated, human

TSL 5

Gene SPG11, Length 571 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SPG11-208	ENST00000558155	CYC1	P08574	325 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	TNNT1	P13805	278 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	MSX1	P28360	303 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PPARG	P37231	505 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SLC26A3	P40879	764 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ATP5O	P48047	213 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	DGKQ	P52824	942 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	CSE1L	P55060	971 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	TAS2R50	P59544	299 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ARF3	P61204	181 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ADAM8	P78325	824 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ZBED6	P86452	979 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	HSF1	Q00613	529 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ACTN3	Q08043	901 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	HSPA14	Q0VDF9	509 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	MSLN	Q13421	630 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FASTK	Q14296	549 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	NR1I3	Q14994	352 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	CEBPE	Q15744	281 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	EXT1	Q16394	746 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	DBN1	Q16643	649 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	NDUFA9	Q16795	377 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PRTG	Q2VWP7	1150 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FCRLB	Q6BAA4	426 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PLAG1	Q6DJT9	500 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FRMPD2B	Q6IN97	320 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	LRRC8B	Q6P9F7	803 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PAOX	Q6QHF9	649 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	UNC5D	Q6UXZ4	953 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PACS1	Q6VY07	963 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	RBM43	Q6ZSC3	357 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ACAD11	Q709F0	780 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GALNTL5	Q7Z4T8	443 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	TAX1BP1	Q86VP1	789 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SIAH3	Q8IW03	269 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	DCUN1D3	Q8IWE4	304 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SLC22A15	Q8IZD6	547 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SLC5A8	Q8N695	610 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	POGLUT1	Q8NBL1	392 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GOT1L1	Q8NHS2	421 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SPATA3	Q8NHX4	192 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GSDMB	Q8TAX9	411 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SLC35G2	Q8TBE7	412 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FAM57A	Q8TBR7	257 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	M1AP	Q8TC57	530 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	MCOLN3	Q8TDD5	553 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	STYX	Q8WUJ0	223 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	NANOS1	Q8WY41	292 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	HDAC10	Q969S8	669 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	RAD51AP1	Q96B01	352 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	IQCD	Q96DY2	449 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	DNAJC1	Q96KC8	554 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FRMD6	Q96NE9	622 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	IL17F	Q96PD4	163 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SIGLEC12	Q96PQ1	595 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	OLFM1	Q99784	485 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ZFYVE21	Q9BQ24	234 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	TRIM51	Q9BSJ1	452 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GBA3	Q9H227	469 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ARNT2	Q9HBZ2	717 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	DLL4	Q9NR61	685 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ANKRD10	Q9NXR5	420 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	LRFN1	Q9P244	771 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	STOX2	Q9P2F5	926 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	IMPACT	Q9P2X3	320 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ST6GALNAC2	Q9UJ37	374 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	RNF6	Q9Y252	685 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	KLK4	Q9Y5K2	254 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ALG6	Q9Y672	507 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PRSS21	Q9Y6M0	314 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	IGHV3-20	A0A0C4DH32	117 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155		A0A1B0GTH6	734 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155		A0A1B0GTH9	108 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FAM237B	A0A1B0GVD1	139 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GABRR3	A8MPY1	467 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FAM171A2	A8MVW0	826 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	KLRC4-KLRK1	H3BQV0	150 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	FFAR3	O14843	346 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GPR42	O15529	346 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ZNHIT1	O43257	154 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PROM1	O43490	865 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	KLK8	O60259	260 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PHF2	O75151	1096 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	GPC4	O75487	556 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	CTAG2	O75638	210 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	SEC24D	O94855	1032 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	TMEM253	P0C7T8	217 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PRSS56	P0CW18	603 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PKM	P14618	531 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ZNF24	P17028	368 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	RBL1	P28749	1068 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	CMPK1	P30085	196 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	ADSL	P30566	484 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	PEX19	P40855	299 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	CDKN2B	P42772	138 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	AVPR1B	P47901	424 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	CYB561	P49447	251 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SPG11-208	ENST00000558155	AGTR2	P50052	363 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.8 ms