RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	VIP	P01282	170 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	AMY1A	P04745	511 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RPLP0	P05388	317 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	IVL	P07476	585 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PRSS56	P0CW18	603 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CKMT1A	P12532	417 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	AMD1	P17707	334 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ITGAL	P20701	1170 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	DDC	P20711	480 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	FPR1	P21462	350 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	IDS	P22304	550 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ACP1	P24666	158 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PPARG	P37231	505 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	DRG2	P55039	364 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CLRN1	P58418	232 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RAP2B	P61225	183 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	IL10RA	Q13651	578 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	C3orf36	Q3SXR2	165 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	C14orf28	Q4W4Y0	310 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PCID2	Q5JVF3	399 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	GPRC6A	Q5T6X5	926 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	HENMT1	Q5T8I9	393 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	HES3	Q5TGS1	186 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	NKAIN2	Q5VXU1	208 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	TTC27	Q6P3X3	843 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	LVRN	Q6Q4G3	990 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SDCCAG8	Q86SQ7	713 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	LDB1	Q86U70	411 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	AMZ2	Q86W34	360 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SERPINA9	Q86WD7	417 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	NRROS	Q86YC3	692 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC35F3	Q8IY50	421 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SDR16C5	Q8N3Y7	309 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RASGEF1C	Q8N431	466 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ARL14	Q8N4G2	192 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RASGEF1A	Q8N9B8	481 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CFAP61	Q8NHU2	1237 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ACTRT1	Q8TDG2	376 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	STYX	Q8WUJ0	223 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ADAMTS14	Q8WXS8	1223 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	NCSTN	Q92542	709 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RAB24	Q969Q5	203 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	TBRG4	Q969Z0	631 aa	Known RBP eCLIP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ULK4	Q96C45	1275 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CXorf40B	Q96DE9	158 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	HSPBAP1	Q96EW2	488 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	COX14	Q96I36	57 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	C16orf45	Q96MC5	204 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PLEKHG4B	Q96PX9	1271 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	GFM1	Q96RP9	751 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	LYSMD1	Q96S90	227 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	KRT12	Q99456	494 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC3	Q9BQI4	270 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	LRRN3	Q9H3W5	708 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	STN1	Q9H668	368 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RMI1	Q9H9A7	625 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	EPB41L5	Q9HCM4	733 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SARS2	Q9NP81	518 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PPAN	Q9NQ55	473 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	NLE1	Q9NVX2	485 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	TRNAU1AP	Q9NX07	287 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	NCKIPSD	Q9NZQ3	722 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC23A2	Q9UGH3	650 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC2A6	Q9UGQ3	507 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RUVBL1	Q9Y265	456 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC17A4	Q9Y2C5	497 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	MYRF	Q9Y2G1	1151 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF215	Q9Y6U7	377 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	EME2	A4GXA9	379 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SDR42E2	A6NKP2	422 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	GOLGA8K	D6RF30	607 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	GOLGA8T	H3BQL2	631 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	AP3B1	O00203	1094 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PPM1D	O15297	605 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CD3EAP	O15446	510 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	TTI1	O43156	1089 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	B4GAT1	O43505	415 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	LDB2	O43679	373 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	PPFIA2	O75334	1257 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CS	O75390	466 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	VAPB	O95292	243 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	EML2	O95834	649 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	GOT2	P00505	430 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	GIMD1	P0DJR0	217 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CDK4	P11802	303 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ATP1B2	P14415	290 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC2A4	P14672	509 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	TYRP1	P17643	537 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	NMBR	P28336	390 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	TEAD1	P28347	426 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	FMO4	P31512	558 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CA5A	P35218	305 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	HAL	P42357	657 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	ACADVL	P49748	655 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CLCNKA	P51800	687 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	MAPK10	P53779	464 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	DCDC1	P59894	354 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	DR1	Q01658	176 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATXN3-238	ENST00000556288	CACNG1	Q06432	222 aa		4.54	□□□□□ -1.68

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