RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493468.6

PRPF40A-211, Transcript of pre-mRNA processing factor 40 homolog A, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PRPF40A, Length 1,043 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40A-211ENST00000493468 POU6F1Q14863 301 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 BTBD16Q32M84 506 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 CES4AQ5XG92 561 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 FBXO42Q6P3S6 717 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 GALNTL5Q7Z4T8 443 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 CPEB2Q7Z5Q1 589 aaKnown RBP13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 FGD2Q7Z6J4 655 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 CRLF3Q8IUI8 442 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 CCDC50Q8IVM0 306 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 LGI4Q8N135 537 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 CSNK1A1LQ8N752 337 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 LILRB4Q8NHJ6 448 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 OLFM1Q99784 485 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 DRC3Q9H069 523 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 SPATA7Q9P0W8 599 aa13.46□□□□□ -0.25
PRPF40A-211ENST00000493468 VPS13CQ709C8 3753 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 CCDC162PA2VCL2 907 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 OR51F1A6NGY5 319 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 TXNDC9O14530 226 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 FOXS1O43638 330 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 NEURL1O76050 574 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 TOXO94900 526 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SP1P08047 785 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 HOXD4P09016 255 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 ZNF24P17028 368 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 TPH1P17752 444 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 AOAHP28039 575 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 CMPK1P30085 196 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 HADHBP55084 474 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 HSF1Q00613 529 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 FAM53BQ14153 422 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 TMED2Q15363 201 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 EXT1Q16394 746 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 FCRLBQ6BAA4 426 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 TMEM211Q6ICI0 200 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SPINK14Q6IE38 97 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 AFTPHQ6ULP2 937 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 C3P1Q6ZMU1 363 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 MARVELD2Q8N4S9 558 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 AMER2Q8N7J2 671 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 FAM57AQ8TBR7 257 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 M1APQ8TC57 530 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 ACTL9Q8TC94 416 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 LKAAEAR1Q8TD35 194 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 DNAJC7Q99615 494 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 NPAS2Q99743 824 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PLCD4Q9BRC7 762 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 DPH7Q9BTV6 452 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 VN1R1Q9GZP7 353 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 LRRC40Q9H9A6 602 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 KCNK13Q9HB14 408 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 INTUQ9ULD6 942 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 EFR3BQ9Y2G0 817 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 ALG6Q9Y672 507 aa13.45□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 C1orf105O95561 183 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 MBD3O95983 291 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 RBP3P10745 1247 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 CCNFP41002 786 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 AGTR2P50052 363 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 COPS2P61201 443 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 RELAQ04206 551 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 FASTKQ14296 549 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SYT16Q17RD7 645 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 HKDC1Q2TB90 917 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SLC25A25Q6KCM7 469 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 LRRC8BQ6P9F7 803 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 LANCL3Q6ZV70 420 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PNPLA5Q7Z6Z6 429 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PAQR7Q86WK9 346 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SLC5A8Q8N695 610 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 OR13J1Q8NGT2 312 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 HDAC10Q969S8 669 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 MRFAP1L1Q96HT8 127 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 CYTH2Q99418 400 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 HEMGNQ9BXL5 484 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SYNPO2LQ9H987 977 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 MMP25Q9NPA2 562 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 ANKRD10Q9NXR5 420 aa13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 RPH3AQ9Y2J0 694 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 SBDSQ9Y3A5 250 aaKnown RBP eCLIP13.44□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 A0A0A6YYC8 382 aaPredicted RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 GABRR3A8MPY1 467 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 H0YIG0 161 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 I3L1I5 382 aaPredicted RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PJA2O43164 708 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 ZNHIT1O43257 154 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 NME2P1O60361 137 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 ERGP11308 486 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PKMP14618 531 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 NME2P22392 152 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PPARGP37231 505 aaPredicted RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 BDKRB1P46663 353 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 MARCKSL1P49006 195 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 EIF3EP60228 445 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 FOXD4Q12950 439 aaPredicted RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PARP6Q2NL67 630 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 RNFT1Q5M7Z0 435 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 CCDC181Q5TID7 509 aa13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 DARS2Q6PI48 645 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
PRPF40A-211ENST00000493468 PCGF5Q86SE9 256 aa13.43□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.9 ms