RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF24	Q9UPV7	400 aa		12.83	□□□□□ -0.35
PTPRF-215	ENST00000496447	WASF2	Q9Y6W5	498 aa		12.83	□□□□□ -0.35
PTPRF-215	ENST00000496447	PLK4	O00444	970 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ECI2	O75521	394 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MTRF1	O75570	445 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C9	P02748	559 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CBSL	P0DN79	551 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NCK1	P16333	377 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CBS	P35520	551 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SMCO1	Q147U7	214 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FRMD7	Q6ZUT3	714 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	YIPF4	Q9BSR8	244 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SFXN1	Q9H9B4	322 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SMURF2	Q9HAU4	748 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PPM1H	Q9ULR3	514 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RHO	P08100	348 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CFH	P08603	1231 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ACSBG2	Q5FVE4	666 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TOR1AIP1	Q5JTV8	583 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OLFML2A	Q68BL7	652 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC39A4	Q6P5W5	647 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CHST4	Q8NCG5	386 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CMAS	Q8NFW8	434 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5T3	Q8NGG3	340 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CRELD1	Q96HD1	420 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PIWIL1	Q96J94	861 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	COMMD4	Q9H0A8	199 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CHMP1A	Q9HD42	196 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM149A	A5PLN7	773 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PLOD3	O60568	738 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PAPSS2	O95340	614 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GPI	P06744	558 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IMPDH1	P20839	514 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC9B1	Q4ZJI4	515 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IL23A	Q9NPF7	189 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	THUMPD1	Q9NXG2	353 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGEF33	A8MVX0	844 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	H6PD	O95479	791 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	REN	P00797	406 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TCF4	P15884	667 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CXCR1	P25024	350 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPHS1	P49903	392 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TLR1	Q15399	786 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NADK2	Q4G0N4	442 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SPIN4	Q56A73	249 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RNASE12	Q5GAN4	147 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PLET1	Q6UQ28	207 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM131A	Q6UXB0	335 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJB8	Q8NHS0	232 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DENND1A	Q8TEH3	1009 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OTUB2	Q96DC9	234 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM248	Q9NWD8	314 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CFL2	Q9Y281	166 aa		12.83	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM234B	A2RU67	622 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	STATH	P02808	62 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HYAL2	Q12891	473 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DLG1	Q12959	904 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KBTBD7	Q8WVZ9	684 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51V1	Q9H2C8	321 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC22A14	Q9Y267	594 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TCRBV21S2A2	A0A5A6	115 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF726	A6NNF4	738 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PRAMEF12	O95522	483 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DLD	P09622	509 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PRPS1L1	P21108	318 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ACADL	P28330	430 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MTPN	P58546	118 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ERVK-8	P63133	956 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SCARB2	Q14108	478 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	THOC6	Q86W42	341 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGAP9	Q9BRR9	750 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM2	Q9C040	744 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TPK1	Q9H3S4	243 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPV5	Q9NQA5	729 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP8B1	Q9UNU6	501 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KLK1	P06870	262 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MYCLP1	P12525	358 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGDIB	P52566	201 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HERC3	Q15034	1050 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZDHHC21	Q8IVQ6	265 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OXR1	Q8N573	874 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RASGEF1A	Q8N9B8	481 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	BANP	Q8N9N5	519 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR8H1	Q8NGG4	311 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35B2	Q8TB61	432 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HSPBAP1	Q96EW2	488 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CTPS2	Q9NRF8	586 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SMPD3	Q9NY59	655 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC17A6	Q9P2U8	582 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SERTAD3	Q9UJW9	196 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RLN1	P04808	185 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PTX3	P26022	381 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZZZ3	Q8IYH5	903 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	EHD1	Q9H4M9	534 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AP2A2	O94973	939 aa		12.82	□□□□□ -0.36

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