RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496458.1

SF3B1-212, Transcript of splicing factor 3b subunit 1, human

TSL 2

Gene SF3B1, Length 475 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3B1-212	ENST00000496458	MAT1A	Q00266	395 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	HSPB3	Q12988	150 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	HERC3	Q15034	1050 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CA9	Q16790	459 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GLIPR1L2	Q4G1C9	344 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	FIP1L1	Q6UN15	594 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	METTL7B	Q6UX53	244 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	NUDT13	Q86X67	352 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	LSMEM1	Q8N8F7	131 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OR13C3	Q8NGS6	347 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CFAP61	Q8NHU2	1237 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	VANGL1	Q8TAA9	524 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SEPHS2	Q99611	448 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	RBM4B	Q9BQ04	359 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	NKIRAS2	Q9NYR9	191 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GDE1	Q9NZC3	331 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SNX8	Q9Y5X2	465 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CACNA1F	O60840	1977 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ABCC8	Q09428	1581 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	AHCYL1	O43865	530 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DDHD2	O94830	711 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	HAPLN1	P10915	354 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PFKFB1	P16118	471 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GSDMD	P57764	484 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	HNRNPK	P61978	463 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ROR1	Q01973	937 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GCNT1	Q02742	428 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DRP2	Q13474	957 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	HLA-B	Q31612	363 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	C11orf63	Q6NUN7	778 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TMEM207	Q6UWW9	146 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	BTN2A1	Q7KYR7	527 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	BMPER	Q8N8U9	685 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SMAP2	Q8WU79	429 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GCNA	Q96QF7	691 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	NUDT16L1	Q9BRJ7	211 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CENPO	Q9BU64	300 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	AP1M1	Q9BXS5	423 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DGCR6L	Q9BY27	220 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PPAN	Q9NQ55	473 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OR6C2	Q9NZP2	312 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	RPS6KA6	Q9UK32	745 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PPP1R3C	Q9UQK1	317 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TMED3	Q9Y3Q3	217 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TRIM17	Q9Y577	477 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	C2orf81	A6NN90	581 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458		E9PQ18	207 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TRIM49	P0CI25	452 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TRIM49C	P0CI26	452 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MPZ	P25189	248 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MMP12	P39900	470 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OPRL1	P41146	370 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	LEPR	P48357	1165 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF75D	P51815	510 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PAX9	P55771	341 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	UBXN2A	P68543	259 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CHCHD4	Q8N4Q1	142 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNRF4	Q8WWF5	429 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	THOC1	Q96FV9	657 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	FAM20A	Q96MK3	541 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	EGFL8	Q99944	293 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PYGO2	Q9BRQ0	406 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	KLHL4	Q9C0H6	718 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ANKEF1	Q9NU02	776 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CUX1	P39880	1505 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PALM2-AKAP2	B1ALY0	433 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ADAM20	O43506	726 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MAGEC1	O60732	1142 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GLUL	P15104	373 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF10	P21506	573 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MTHFR	P42898	656 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	LMAN1	P49257	510 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	LIG4	P49917	911 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MAPK12	P53778	367 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	LMO4	P61968	165 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	UGT3A2	Q3SY77	523 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PDLIM3	Q53GG5	364 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	FASTKD1	Q53R41	847 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	WLS	Q5T9L3	541 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DOK6	Q6PKX4	331 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MMD2	Q8IY49	270 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	THAP8	Q8NA92	274 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF830	Q96NB3	372 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DGAT2	Q96PD7	388 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	USP28	Q96RU2	1077 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PKP2	Q99959	881 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PRMT7	Q9NVM4	692 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MAGED1	Q9Y5V3	778 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64

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