RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496458.1

SF3B1-212, Transcript of splicing factor 3b subunit 1, human

TSL 2

Gene SF3B1, Length 475 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3B1-212	ENST00000496458	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	ACTN2	P35609	894 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	MNDA	P41218	407 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	HERV-K104	P61576	105 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF415	Q09FC8	603 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	UGP2	Q16851	508 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	SLC25A53	Q5H9E4	307 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	SSMEM1	Q8WWF3	244 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	SPDL1	Q96EA4	605 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	CABLES2	Q9BTV7	478 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	MXD3	Q9BW11	206 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	MRPL1	Q9BYD6	325 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	PITPNM3	Q9BZ71	974 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458		Q9N2K0	584 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	EXOSC5	Q9NQT4	235 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	GKN1	Q9NS71	199 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	ASIC3	Q9UHC3	531 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	WDR37	Q9Y2I8	494 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SF3B1-212	ENST00000496458	GLOD5	A6NK44	160 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF195	O14628	629 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CDH3	P22223	829 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	JAK1	P23458	1154 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	RPL21	P46778	160 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SLC1A5	Q15758	541 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SNAPC1	Q16533	368 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ODF4	Q2M2E3	257 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	XKR3	Q5GH77	459 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	IL27RA	Q6UWB1	636 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TMPRSS11B	Q86T26	416 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OR52N5	Q8NH56	324 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PTER	Q96BW5	349 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DHX58	Q96C10	678 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TMCO6	Q96DC7	493 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SPACA9	Q96E40	222 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	RAD9A	Q99638	391 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MIS12	Q9H081	205 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	WNT5B	Q9H1J7	359 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GRID1	Q9ULK0	1009 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	WDR62	O43379	1518 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	FAM170A	A1A519	330 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	BEST1	O76090	585 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SMIM18	P0DKX4	95 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	RAD52	P43351	418 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	MAZ	P56270	477 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	BAAT	Q14032	418 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	KRT71	Q3SY84	523 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	BSPRY	Q5W0U4	402 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ZNF613	Q6PF04	617 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PTAR1	Q7Z6K3	402 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	HOGA1	Q86XE5	327 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DNAAF5	Q86Y56	855 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SLAMF9	Q96A28	289 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	NXNL1	Q96CM4	212 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SFXN2	Q96NB2	322 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	FGFBP2	Q9BYJ0	223 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	UBXN6	Q9BZV1	441 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	OR2B2	Q9GZK3	357 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CPVL	Q9H3G5	476 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	NSMCE4A	Q9NXX6	385 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CRNN	Q9UBG3	495 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CHORDC1	Q9UHD1	332 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ENO4	A6NNW6	628 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PLOD3	O60568	738 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TAF10	Q12962	218 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	E2F5	Q15329	346 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CTU2	Q2VPK5	515 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CBWD6	Q4V339	395 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CCDC92	Q53HC0	331 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SYT14P1	Q58G82	188 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ARHGAP22	Q7Z5H3	698 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SYN2	Q92777	582 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	AZIN2	Q96A70	460 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	AGAP3	Q96P47	875 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ABHD1	Q96SE0	405 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	SHARPIN	Q9H0F6	387 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CCDC68	Q9H2F9	335 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ERAP1	Q9NZ08	941 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	STK26	Q9P289	416 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	CPSF2	Q9P2I0	782 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	STUB1	Q9UNE7	303 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PPIE	Q9UNP9	301 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TNN	Q9UQP3	1299 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PADI2	Q9Y2J8	665 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	ANGPTL3	Q9Y5C1	460 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	TOPBP1	Q92547	1522 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	NXPH2	O95156	264 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	PGM3	O95394	542 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SF3B1-212	ENST00000496458	DANCR	P0C864	163 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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