RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000551137.5

CS-223, Transcript of citrate synthase, human

TSL 3

Gene CS, Length 903 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-223	ENST00000551137	POLD1	P28340	1107 aa		15.48	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	ATP6V1A	P38606	617 aa		15.48	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	ITPK1	Q13572	414 aa		15.48	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		15.48	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		15.47	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	SSFA2	P28290	1259 aa		15.47	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		15.47	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		15.47	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	AK7	Q96M32	723 aa		15.47	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		15.47	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	PPP2R1A	P30153	589 aa		15.46	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	15.46	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	15.46	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	CFAP53	Q96M91	514 aa		15.46	■□□□□ 0.07
CS-223	ENST00000551137	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		15.45	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		15.45	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		15.45	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		15.45	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	MRC1	P22897	1456 aa		15.45	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	15.44	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	15.44	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	LGR6	Q9HBX8	967 aa		15.44	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	15.43	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	15.43	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		15.43	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	MSH5	O43196	834 aa		15.42	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		15.42	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	15.42	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	NUDC	Q9Y266	331 aa		15.42	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	15.41	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	GNPAT	O15228	680 aa		15.41	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	ADRA2B	P18089	450 aa		15.41	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	15.41	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		15.41	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	RPS6KA4	O75676	772 aa		15.4	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	FCHSD2	O94868	740 aa		15.4	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	15.4	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	MYH14	Q7Z406	1995 aa	Known RBP	15.4	■□□□□ 0.06
CS-223	ENST00000551137	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		15.39	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	15.39	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		15.39	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	15.38	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	PHF14	O94880	888 aa		15.38	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		15.38	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		15.38	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		15.38	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		15.37	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	PRKAR2B	P31323	418 aa		15.37	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	MSL1	Q68DK7	614 aa		15.37	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	SMIM5	Q71RC9	77 aa		15.37	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		15.37	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	15.36	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	15.36	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	15.36	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		15.36	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	15.36	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	UTRN	P46939	3433 aa		15.35	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	TJP1	Q07157	1748 aa		15.35	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		15.35	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	15.35	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	15.34	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	SLC39A6	Q13433	755 aa		15.34	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	RALBP1	Q15311	655 aa		15.34	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		15.34	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	UBR2	Q8IWV8	1755 aa		15.34	■□□□□ 0.05
CS-223	ENST00000551137	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	15.33	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	15.33	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	YY1	P25490	414 aa		15.33	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	TEF	Q10587	303 aa		15.33	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		15.33	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	15.32	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	GYS1	P13807	737 aa		15.32	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	RFC4	P35249	363 aa		15.32	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	ZNF790	Q6PG37	636 aa		15.32	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	KLHL34	Q8N239	644 aa		15.32	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		15.32	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	CHD4	Q14839	1912 aa		15.31	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	MMP10	P09238	476 aa		15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	GPR162	Q16538	588 aa		15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	15.3	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	C4A	P0C0L4	1744 aa		15.29	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		15.29	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	GRIN3B	O60391	1043 aa		15.29	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		15.29	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	STARD3NL	O95772	234 aa		15.28	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	15.28	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	15.27	■□□□□ 0.04	5e-10	■□□□□ 9.3
CS-223	ENST00000551137	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	15.27	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		15.27	■□□□□ 0.04
CS-223	ENST00000551137	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		15.27	■□□□□ 0.03
CS-223	ENST00000551137	BTBD11	A6QL63	1104 aa		15.26	■□□□□ 0.03
CS-223	ENST00000551137	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	15.26	■□□□□ 0.03
CS-223	ENST00000551137	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	15.26	■□□□□ 0.03
CS-223	ENST00000551137	TGFB2	P61812	414 aa		15.26	■□□□□ 0.03
CS-223	ENST00000551137	NARF	Q9UHQ1	456 aa		15.26	■□□□□ 0.03

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