RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000427110.6

PTPRC-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRC, Length 264 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRC-208	ENST00000427110	EML3	Q32P44	896 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	C4orf17	Q53FE4	359 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TMEM214	Q6NUQ4	689 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TAS1R3	Q7RTX0	852 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	NANOS1	Q8WY41	292 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF837	Q96EG3	531 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TIMMDC1	Q9NPL8	285 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PCDHGA11	Q9Y5H2	935 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	USP3	Q9Y6I4	520 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	USP17L3	A6NCW0	530 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	USP17L4	A6NCW7	530 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	INHA	P05111	366 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	DBN1	Q16643	649 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SV2A	Q7L0J3	742 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZSCAN1	Q8NBB4	408 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SIRT1	Q96EB6	747 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	KIAA1024	Q9UPX6	916 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	THBS1	P07996	1170 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PLA2G4A	P47712	749 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	GAS6	Q14393	721 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TBCEL	Q5QJ74	424 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SERBP1	Q8NC51	408 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	GTPBP3	Q969Y2	492 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	NOD1	Q9Y239	953 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	DYRK1B	Q9Y463	629 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ATP9B	O43861	1147 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	CLDN10	P78369	228 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	WHAMM	Q8TF30	809 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	CALR3	Q96L12	384 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	RUBCNL	Q9H714	662 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF358	Q9NW07	568 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110		A6NJR5	290 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	F11	P03951	625 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	MSX1	P28360	303 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SMTN	P53814	917 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TPCN2	Q8NHX9	752 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	RHBDD1	Q8TEB9	315 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	STK17A	Q9UEE5	414 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110		A6NJY4	79 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	LGR5	O75473	907 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	WDR44	Q5JSH3	913 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	TNS4	Q8IZW8	715 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	OGFOD1	Q8N543	542 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	AIDA	Q96BJ3	306 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	NUCKS1	Q9H1E3	243 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	MAFB	Q9Y5Q3	323 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110		A0A1B0GTH6	734 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ADAMTS2	O95450	1211 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SH3PXD2A	Q5TCZ1	1133 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF295-AS1	Q8N0V1	137 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	DNAAF2	Q9NVR5	837 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	CABP1	Q9NZU7	370 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPRC-208	ENST00000427110	SFI1	A8K8P3	1242 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	LZTS3	O60299	673 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	ATP4A	P20648	1035 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	MTFR1	Q15390	333 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	CDCA8	Q53HL2	280 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF385C	Q66K41	422 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	CCDC102B	Q68D86	513 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	TRIM50	Q86XT4	487 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	TSEN2	Q8NCE0	465 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	KLRG1	Q96E93	195 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		4.83	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110		H7C1W4	665 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	RASA1	P20936	1047 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	TXLNA	P40222	546 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	EPHA4	P54764	986 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	UBAP2L	Q14157	1087 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	CRTC2	Q53ET0	693 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	PGBD3	Q8N328	593 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	ABHD17A	Q96GS6	310 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	ZMYND15	Q9H091	742 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	TSPAN10	Q9H1Z9	355 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	SCHIP1	Q9P0W5	487 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
PTPRC-208	ENST00000427110	IGF1R	P08069	1367 aa		4.81	□□□□□ -1.64

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