Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms