Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SHMT2P34897 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms