Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms