Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 UQCRHP3-201ENST00000451503 251 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC021491.3-201ENST00000513378 156 ntTSL 3 BASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6ATAC12P-201ENST00000516542 115 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNA5SP168-201ENST00000516642 112 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC090821.2-201ENST00000523552 176 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC004812.1-201ENST00000540773 146 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL161716.1-201ENST00000606365 273 ntTSL 5 BASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-40-201ENST00000606510 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC021613.1-201ENST00000623880 111 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 FAM214A-201ENST00000261844 4217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 FRS2-201ENST00000397997 6550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 PRKACB-207ENST00000394838 4294 ntTSL 5 BASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MIR597-201ENST00000384968 97 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RPS3AP1-201ENST00000413190 320 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL135938.1-201ENST00000443141 297 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU2-11P-201ENST00000459191 187 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU7-12P-201ENST00000516030 62 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 IGLV3-17-201ENST00000519099 244 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 DEFB131E-201ENST00000532329 154 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL513534.2-201ENST00000603836 250 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 HOTAIRM1_4.1-201ENST00000617934 102 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC087741.2-201ENST00000619415 172 ntBASIC3.11□□□□□ -1.91
USP4Q13107 FAM46D-201ENST00000308293 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-833P-201ENST00000363486 107 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 Y_RNA.531-201ENST00000384589 121 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNA5SP492-201ENST00000411330 114 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 ATP6V0E1P1-201ENST00000412537 226 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC069257.2-201ENST00000441819 155 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MIR4672-201ENST00000583126 81 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL442128.1-201ENST00000615151 90 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC096644.4-201ENST00000563417 2912 ntBASIC3.1□□□□□ -1.91
USP4Q13107 VSTM2A-OT1-201ENST00000456049 3031 ntTSL 1 (best) BASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC007336.1-201ENST00000576365 3828 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU4-36P-201ENST00000364294 144 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORA4.2-201ENST00000365313 147 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU7-45P-201ENST00000459460 63 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC107297.1-201ENST00000459991 176 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 UBL5P3-201ENST00000475112 231 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 LINC02514-201ENST00000509058 498 ntTSL 3 BASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNA5SP356-201ENST00000515972 94 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-158P-201ENST00000517104 100 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC021785.1-201ENST00000520780 453 ntTSL 3 BASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC006023.1-201ENST00000603944 259 ntBASIC3.09□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC092881.1-201ENST00000638218 2733 ntBASIC3.09□□□□□ -1.92
USP4Q13107 TDRD15-201ENST00000405799 6135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.09□□□□□ -1.92
USP4Q13107 LEPR-202ENST00000349533 8227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.09□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MAPK10-266ENST00000641066 6555 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 NBPF20-202ENST00000392971 18450 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.93-201ENST00000363066 109 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU1-148P-201ENST00000384472 162 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MIR516B2-201ENST00000385190 85 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU7-26P-201ENST00000458980 63 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RPS23P4-201ENST00000487908 423 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RN7SL20P-201ENST00000488827 297 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MALAT1-207ENST00000613376 132 ntTSL 3 BASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MALAT1.1-201ENST00000618249 95 ntBASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 CHD9-203ENST00000447540 11509 ntTSL 5 BASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 ZNF680-202ENST00000447137 2159 ntTSL 2 BASIC3.08□□□□□ -1.92
USP4Q13107 GPR22-201ENST00000304402 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.08□□□□□ -1.92
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USP4Q13107 LPP-222ENST00000640853 18277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNY3P2-201ENST00000362918 102 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-950P-201ENST00000384651 107 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 TRAJ41-201ENST00000390496 62 ntAPPRIS P1 BASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC113410.1-201ENST00000505029 247 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 IGHVII-40-1-201ENST00000517316 58 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RPL12P50-201ENST00000603116 116 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.773-201ENST00000607168 90 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC095038.3-201ENST00000634439 195 ntBASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 CEP57L1-216ENST00000521522 2259 ntTSL 5 BASIC3.07□□□□□ -1.92
USP4Q13107 CC2D2B-210ENST00000636965 3247 ntTSL 5 BASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.107-201ENST00000363190 121 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.507-201ENST00000384500 99 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-851P-201ENST00000384565 107 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 POLR2J4-204ENST00000418424 324 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC105272.1-201ENST00000438604 198 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 SCARNA23-201ENST00000516060 130 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC107016.2-201ENST00000547968 190 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 GTF3AP2-201ENST00000557014 266 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MIR3618-201ENST00000580330 88 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC007318.2-201ENST00000620999 243 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MIR1255B1-201ENST00000636325 63 ntBASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 ARHGAP28-204ENST00000419673 5492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.06□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-1099P-201ENST00000363533 107 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 Y_RNA.155-201ENST00000363632 101 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 SNORA9.2-201ENST00000365361 133 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RN7SKP192-201ENST00000411291 327 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 HMGN2P35-201ENST00000412164 270 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 UBBP3-201ENST00000445497 241 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AC093850.1-201ENST00000454121 251 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-56P-201ENST00000516986 93 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-958P-201ENST00000516995 106 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 ELOCP29-201ENST00000588193 334 ntBASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 GRAMD1C-202ENST00000440446 3475 ntTSL 1 (best) BASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 MUC15-203ENST00000455601 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 AF165147.1-201ENST00000433310 6103 ntTSL 2 BASIC3.05□□□□□ -1.92
USP4Q13107 WDR3-201ENST00000349139 9974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 RNU6-661P-201ENST00000362409 107 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
USP4Q13107 SNORA1.2-201ENST00000365189 134 ntBASIC3.04□□□□□ -1.92
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