Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AL109933.2-201ENST00000452651 260 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AL049873.1-201ENST00000480540 376 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORA18.7-201ENST00000516910 131 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AP001363.1-201ENST00000544108 264 ntTSL 3 BASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC090616.3-202ENST00000583346 205 ntTSL 2 BASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 uc_338.1-201ENST00000612113 180 ntBASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SLC8A1-207ENST00000406785 20987 ntTSL 1 (best) BASIC3.33□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Y_RNA.298-201ENST00000364960 107 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORA26.7-201ENST00000391288 122 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6ATAC40P-201ENST00000408580 137 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC091133.1-201ENST00000435491 483 ntTSL 3 BASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU7-164P-201ENST00000459221 62 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-830P-201ENST00000516353 107 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AP003484.1-201ENST00000530974 250 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 TRAV1-1-201ENST00000542354 392 ntAPPRIS P1 BASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 EIF4BP1-201ENST00000554881 351 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC118755.2-201ENST00000584676 212 ntTSL 3 BASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC015726.2-201ENST00000620112 122 ntBASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 FPGT-TNNI3K-202ENST00000370895 7566 ntTSL 2 BASIC3.32□□□□□ -1.88
USP4Q13107 OXR1-205ENST00000442977 2956 ntTSL 2 BASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 TFEC-203ENST00000393485 2704 ntTSL 2 BASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 KTN1-206ENST00000413890 4473 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-23P-201ENST00000363283 107 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNY1P6-201ENST00000384193 109 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNA5SP109-201ENST00000391010 116 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC020594.1-201ENST00000437680 338 ntTSL 3 BASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 MIR3169-201ENST00000578032 83 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 uc_338.25-201ENST00000613756 156 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 Hammerhead_HH9.1-201ENST00000616606 77 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AL365361.1-201ENST00000566942 3481 ntBASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 FILIP1L-206ENST00000471562 2854 ntTSL 1 (best) BASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 KNL1-202ENST00000399668 7607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.31□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNA5SP383-201ENST00000362934 120 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 U8.6-201ENST00000364939 135 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 U8.9-201ENST00000365667 134 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC020743.3-201ENST00000440351 360 ntTSL 3 BASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 LINC02041-201ENST00000440726 246 ntTSL 5 BASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC108067.1-201ENST00000514304 215 ntTSL 5 BASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORA40.13-201ENST00000516379 120 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC245166.1-201ENST00000521012 253 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 IGKV3-31-201ENST00000523109 329 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 MIR5009-201ENST00000578736 100 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 DLEU2_5.2-201ENST00000610606 84 ntBASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 HIF1A-201ENST00000323441 3555 ntTSL 1 (best) BASIC3.3□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORD115-3-201ENST00000363100 82 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORD73B-201ENST00000364394 72 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORA54-201ENST00000384281 123 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-440P-201ENST00000390882 105 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 COTL1P1-201ENST00000422309 375 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 LINC00407-201ENST00000426509 295 ntTSL 5 BASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC104332.2-201ENST00000429959 156 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AL445687.1-201ENST00000439946 251 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
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USP4Q13107 RNU1-143P-201ENST00000516296 146 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
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USP4Q13107 SCARNA20.6-201ENST00000517251 106 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC068339.1-201ENST00000526965 141 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 U1.23-201ENST00000610293 146 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU1-68P-201ENST00000615382 146 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 U1.39-201ENST00000621562 146 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AASDH-207ENST00000513376 3241 ntTSL 1 (best) BASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 PIK3C2G-202ENST00000433979 4840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.29□□□□□ -1.88
USP4Q13107 ANGPTL1-201ENST00000234816 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.29□□□□□ -1.88
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USP4Q13107 RNU6-294P-201ENST00000364999 102 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 SNORA44-201ENST00000384584 132 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU6-1104P-201ENST00000384723 104 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC087499.4-201ENST00000448505 178 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 RNU7-80P-201ENST00000459562 61 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 UBL5P2-201ENST00000583788 219 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC002984.1-201ENST00000591692 448 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 U4atac.1-201ENST00000618345 95 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 ZBBX-204ENST00000392767 3071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 CEP44-203ENST00000426172 3037 ntTSL 5 BASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 CCSAP-202ENST00000366686 4399 ntTSL 2 BASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AL596211.1-201ENST00000569873 2277 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
USP4Q13107 AC093831.2-201ENST00000624393 3427 ntBASIC3.28□□□□□ -1.89
USP4Q13107 USP45-208ENST00000500704 5826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 OR4C11-202ENST00000641580 2737 ntAPPRIS P1 BASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR342-201ENST00000362212 99 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR1302-4-201ENST00000408701 150 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 CST9LP2-201ENST00000437612 320 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC114811.1-201ENST00000507207 168 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU7-123P-201ENST00000515911 60 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SNORA31.26-201ENST00000517250 137 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU6-1116P-201ENST00000517269 99 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC024614.2-201ENST00000577584 372 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR4778-201ENST00000577635 80 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 HSPE1P19-201ENST00000603327 295 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC006386.2-201ENST00000624491 75 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC012005.1-201ENST00000624575 75 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC073476.4-201ENST00000628409 72 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
USP4Q13107 TSGA10-205ENST00000410001 3036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 NEB-220ENST00000618972 26307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 Y_RNA.344-201ENST00000365381 112 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 Y_RNA.544-201ENST00000384650 113 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR590-201ENST00000385008 97 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SNORA11.4-201ENST00000408823 129 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNA5SP344-201ENST00000411081 104 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC018511.2-201ENST00000413431 189 ntTSL 3 BASIC3.26□□□□□ -1.89
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