Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXA4Q00056 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXA4Q00056 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms