Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 Y_RNA.551-201ENST00000384661 102 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RPS26P42-201ENST00000413485 326 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC121342.1-201ENST00000423914 550 ntTSL 3 BASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SDAD1P3-201ENST00000427380 333 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RAB28P5-201ENST00000427490 651 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 FCF1P4-201ENST00000448326 183 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MRPS10P1-201ENST00000448483 130 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 HSPE1P25-201ENST00000455484 251 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 HMGN2P9-201ENST00000476875 229 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC025465.3-201ENST00000510570 311 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MTCO2P24-201ENST00000515611 426 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-475P-201ENST00000516073 104 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-107P-201ENST00000516643 102 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SCARNA24.2-201ENST00000516968 130 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC022616.4-201ENST00000522985 181 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AP003733.2-201ENST00000529409 171 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RPL21P9-201ENST00000556149 474 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR4643-201ENST00000577473 78 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL355512.1-202ENST00000607952 209 ntTSL 5 BASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 TEX41-243ENST00000614173 190 ntTSL 5 BASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC130454.1-201ENST00000622948 401 ntBASIC1.23□□□□□ -2.21
SHHQ15465 BRCA1-202ENST00000354071 4497 ntTSL 1 (best) BASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 PTPN22-203ENST00000460620 1794 ntTSL 1 (best) BASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU1-76P-201ENST00000362903 159 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 SNORD113-8-201ENST00000363497 74 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.237-201ENST00000364439 102 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.307-201ENST00000365022 117 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.418-201ENST00000384029 102 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 Y_RNA.422-201ENST00000384054 114 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNU6-793P-201ENST00000384233 104 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL590399.1-203ENST00000412631 256 ntTSL 5 BASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC139712.2-201ENST00000424302 339 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RPS29P23-201ENST00000458635 123 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC010531.2-201ENST00000465012 153 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 RNVU1-2-201ENST00000516326 135 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 DEFB108E-201ENST00000524692 240 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AP003171.1-201ENST00000532770 266 ntTSL 2 BASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR4422-201ENST00000581938 83 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC012433.1-201ENST00000588916 398 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AL355297.3-201ENST00000604082 446 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR8074-201ENST00000615081 81 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC004467.1-201ENST00000615678 330 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MESTIT1_1.1-201ENST00000618871 140 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 MIR8062-201ENST00000621515 85 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 AC022513.1-201ENST00000624512 117 ntBASIC1.22□□□□□ -2.21
SHHQ15465 VPS13A-206ENST00000376646 2262 ntTSL 5 BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU1-62P-201ENST00000362599 164 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-1048P-201ENST00000364054 107 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.461-201ENST00000384263 103 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-463P-201ENST00000384340 107 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 SNORD115-46-201ENST00000390982 71 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 SNORD78.2-201ENST00000391076 69 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AL355796.1-201ENST00000406706 323 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC123900.1-201ENST00000420390 96 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 MS4A4E-203ENST00000425663 350 ntTSL 1 (best) BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 UQCRBP2-201ENST00000447827 297 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-625P-201ENST00000459412 107 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC103879.1-201ENST00000503093 255 ntTSL 2 BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-496P-201ENST00000516145 99 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.683-201ENST00000516508 93 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU5F-4P-201ENST00000516581 114 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AP001001.1-201ENST00000532422 826 ntTSL 3 BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 NKAIN2-205ENST00000546092 148 ntTSL 5 BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC016256.1-201ENST00000547971 354 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 CYP3A137P-201ENST00000562436 69 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC068338.1-201ENST00000565567 176 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 MIR4423-201ENST00000580922 80 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 MIR3149-201ENST00000584629 83 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RPS29P30-201ENST00000600975 111 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 DEFB117-201ENST00000602356 141 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 PRR13P7-201ENST00000605538 430 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AL020996.3-201ENST00000606617 222 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Z84484.1-202ENST00000612718 60 ntTSL 5 BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 TCL6_2.1-201ENST00000615162 119 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 7SK.10-201ENST00000621414 298 ntBASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 BRDT-206ENST00000402388 3125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC1.21□□□□□ -2.22
SHHQ15465 FAM135A-203ENST00000370479 5930 ntTSL 1 (best) BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.60-201ENST00000362831 98 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.117-201ENST00000363294 101 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU4-50P-201ENST00000364361 141 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-1175P-201ENST00000365200 107 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-196P-201ENST00000384315 107 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.570-201ENST00000384750 101 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 MIR193B-201ENST00000384907 83 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6ATAC2P-201ENST00000387943 126 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 TRAJ39-201ENST00000390498 63 ntAPPRIS P1 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-1203P-201ENST00000410703 110 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AL590705.2-201ENST00000420204 281 ntTSL 5 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AJ239322.2-201ENST00000421696 575 ntTSL 5 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC073910.1-201ENST00000445047 438 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AL354733.1-201ENST00000458016 476 ntTSL 3 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.668-201ENST00000516233 93 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-911P-201ENST00000516523 104 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 RNU6-63P-201ENST00000516690 95 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 Y_RNA.713-201ENST00000517013 96 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AC090124.1-201ENST00000525097 448 ntTSL 3 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 CARD18-203ENST00000532895 422 ntTSL 2 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AL122017.1-202ENST00000570612 319 ntTSL 5 BASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 AL121655.1-201ENST00000605811 308 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
SHHQ15465 MIR376A1-201ENST00000616574 68 ntBASIC1.2□□□□□ -2.22
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