Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RN7SKP282-201ENST00000516824 299 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNU6-537P-201ENST00000517277 103 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AL358944.1-201ENST00000528537 144 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC026333.2-201ENST00000542164 106 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC022149.2-201ENST00000621061 203 ntBASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ADGRG2-206ENST00000360279 4702 ntTSL 1 (best) BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ERBIN-204ENST00000380943 6410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ANKAR-209ENST00000520309 4410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MBNL3-204ENST00000370853 2661 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 TMPRSS11A-201ENST00000334830 3054 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC3.52□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC093010.3-201ENST00000570269 15214 ntBASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 Y_RNA.242-201ENST00000364473 110 ntBASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 Y_RNA.281-201ENST00000364774 94 ntBASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNA5SP323-201ENST00000391094 133 ntBASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 FTH1P12-201ENST00000432137 551 ntBASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 Y_RNA.677-201ENST00000516401 85 ntBASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MME-216ENST00000615825 5523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PKHD1L1-201ENST00000378402 13076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.51□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PLOD2-204ENST00000461497 3043 ntTSL 2 BASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ZNF83-201ENST00000301096 2599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR148B-201ENST00000362252 99 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORA33-201ENST00000363664 130 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORD114-6-201ENST00000364393 72 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNU6-1107P-201ENST00000364817 104 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNU6-805P-201ENST00000365643 106 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR518F-201ENST00000384973 87 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR522-201ENST00000385071 87 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR802-201ENST00000390235 94 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNY4P30-201ENST00000410216 95 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AL353689.1-201ENST00000438895 199 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC012668.1-201ENST00000457625 228 ntTSL 3 BASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC018868.1-201ENST00000491307 315 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR5680-201ENST00000577577 84 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC087685.1-201ENST00000587507 141 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC106754.2-201ENST00000623006 233 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR376A2-201ENST00000636782 80 ntBASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ERBIN-201ENST00000284037 8647 ntTSL 1 (best) BASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 HELZ-201ENST00000358691 13810 ntTSL 1 (best) BASIC3.5□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ATP2B1-201ENST00000261173 6777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORA1B-201ENST00000362535 133 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORD21-201ENST00000383953 95 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORA8-201ENST00000384574 139 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 Y_RNA.549-201ENST00000384657 102 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR570-201ENST00000384917 97 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNU6-554P-201ENST00000410466 106 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR5004-201ENST00000579078 107 ntBASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 FANCD2-213ENST00000625535 117 ntTSL 5 BASIC3.49□□□□□ -1.85
USP4Q13107 LRRD1-203ENST00000430130 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 NEB-218ENST00000603639 25578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 NEB-219ENST00000604864 25578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SYNE2-212ENST00000554584 20508 ntTSL 5 BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 UBE2W-203ENST00000517608 8426 ntTSL 1 (best) BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 TBC1D31-214ENST00000522420 3167 ntTSL 1 (best) BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 ZNF334-205ENST00000615481 3706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORD12C-201ENST00000386307 89 ntBASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNU6-220P-201ENST00000390919 107 ntBASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC006483.1-201ENST00000487308 313 ntBASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RN7SL504P-201ENST00000494496 287 ntBASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AL353149.1-201ENST00000610667 244 ntBASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PHF3-202ENST00000393387 6947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PPIP5K2-203ENST00000414217 5842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 KIAA0825-203ENST00000513200 4942 ntTSL 5 BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PWAR6-201ENST00000552334 4618 ntBASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 WWP1-201ENST00000265428 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.48□□□□□ -1.85
USP4Q13107 NEB-204ENST00000409198 20637 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PRKG2-206ENST00000545647 3852 ntTSL 5 BASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNA5SP374-201ENST00000362939 125 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 Y_RNA.85-201ENST00000363014 111 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORD68-201ENST00000363214 84 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR128-1-201ENST00000384921 82 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AL590004.2-201ENST00000404787 371 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 COX6CP6-201ENST00000490840 228 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 RNA5SP385-201ENST00000515947 110 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 MIR2276-201ENST00000516886 89 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AP002004.2-201ENST00000531656 154 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 AC091544.4-201ENST00000555268 342 ntBASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SMARCAD1-206ENST00000509418 2348 ntTSL 2 BASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 CCDC30-201ENST00000340612 2664 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC3.47□□□□□ -1.85
USP4Q13107 PRKACB-219ENST00000614872 4306 ntTSL 1 (best) BASIC3.46□□□□□ -1.85
USP4Q13107 SNORA25B-201ENST00000365507 128 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORA48.2-201ENST00000390926 124 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SRIP3-201ENST00000413200 219 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AL592431.2-201ENST00000422198 171 ntTSL 3 BASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 ATP5J2P3-201ENST00000451550 258 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-240P-201ENST00000516098 97 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR4325-201ENST00000583049 90 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR5197-201ENST00000583721 112 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 IGKV1OR2-6-201ENST00000603485 277 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 5S_rRNA.11-201ENST00000618635 84 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC134878.1-201ENST00000619901 243 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 LIG4-205ENST00000614526 3884 ntTSL 2 BASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 HNRNPC-203ENST00000430246 4501 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC245060.5-201ENST00000610778 3293 ntBASIC3.46□□□□□ -1.86
USP4Q13107 EVI5-201ENST00000370331 7403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 KIAA1109-203ENST00000388738 15574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 KIAA0586-209ENST00000556134 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 KCNH7-204ENST00000618399 3713 ntTSL 5 BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 PRKAA2-201ENST00000371244 9347 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-1084P-201ENST00000362498 107 ntBASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 Y_RNA.369-201ENST00000365568 117 ntBASIC3.45□□□□□ -1.86
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