Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NDUFA5P6-201ENST00000542110 379 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR5195-201ENST00000583555 115 ntBASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AL355376.2-201ENST00000603866 267 ntTSL 5 BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 LMBR1-222ENST00000638959 93 ntTSL 5 BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 ZNF676-201ENST00000397121 2944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 BCLAF3-202ENST00000379682 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.71□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC008555.8-201ENST00000623602 2168 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 KCNJ16-203ENST00000392671 3981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 ATF2-204ENST00000409437 3697 ntTSL 5 BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RTTN-201ENST00000255674 6960 ntTSL 5 BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RAPGEF6-202ENST00000308008 4176 ntTSL 1 (best) BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 Y_RNA.66-201ENST00000362862 102 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 Y_RNA.346-201ENST00000365385 112 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CD24P4-201ENST00000382840 243 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-1186P-201ENST00000410429 97 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 UBE2Q2P12-201ENST00000414573 204 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 HMGN2P34-201ENST00000437647 269 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AL161788.1-201ENST00000441805 169 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RPS29P31-201ENST00000446147 164 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 Y_RNA.649-201ENST00000459077 103 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CKS1BP2-201ENST00000497342 240 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-991P-201ENST00000516168 107 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-168P-201ENST00000516189 101 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-504P-201ENST00000516568 104 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR3129-201ENST00000581095 76 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AL365205.2-201ENST00000594586 68 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC073413.2-201ENST00000604332 360 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CLRN1-AS1.1-201ENST00000615643 79 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 SNORA50A-202ENST00000629536 136 ntBASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 ANP32E-209ENST00000616917 2989 ntTSL 2 BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 GABRG2-221ENST00000639683 3600 ntTSL 5 BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RAD17-206ENST00000358030 2648 ntTSL 1 (best) BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 FNBP1L-203ENST00000370253 3889 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC3.7□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU4-35P-201ENST00000362588 141 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-283P-201ENST00000364788 107 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 FO393413.1-201ENST00000402892 195 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC060773.1-201ENST00000421698 310 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MTATP6P21-201ENST00000440681 189 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC233266.1-201ENST00000454518 96 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 Y_RNA.651-201ENST00000459380 103 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 LINC02064-201ENST00000506492 470 ntTSL 5 BASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC096725.1-201ENST00000514266 313 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR4425-201ENST00000580572 84 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR3200-201ENST00000580767 85 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC242852.1-201ENST00000612151 96 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC244015.1-201ENST00000622301 99 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR7157-201ENST00000635801 60 ntBASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 OR5V1-217ENST00000641768 2763 ntAPPRIS P1 BASIC3.69□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RBBP8-202ENST00000360790 2962 ntTSL 1 (best) BASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNA5SP139-201ENST00000364340 117 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 Y_RNA.332-201ENST00000365271 113 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 SNORA1-201ENST00000384107 130 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR520G-201ENST00000385064 90 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AF228730.3-201ENST00000436691 102 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 NDUFA4P2-201ENST00000489989 244 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-856P-201ENST00000516959 98 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 GNG2-205ENST00000554736 569 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC120045.1-201ENST00000563502 251 ntTSL 3 BASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC139426.2-201ENST00000568289 251 ntTSL 3 BASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR4738-201ENST00000579134 87 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AP003355.3-201ENST00000623465 114 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 PCNP-208ENST00000627393 136 ntTSL 2 BASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR4679-1-201ENST00000637619 75 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MAPK10-322ENST00000641485 4530 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CYSLTR2-201ENST00000282018 4672 ntAPPRIS P1 BASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MAPK10-362ENST00000641864 4484 ntBASIC3.68□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU1-23P-201ENST00000363361 144 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU1-96P-201ENST00000364163 162 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 Y_RNA.309-201ENST00000365046 111 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIRLET7F2-201ENST00000385277 83 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 TRAV39-201ENST00000390466 331 ntAPPRIS P1 BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU1-101P-201ENST00000391171 127 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC244505.4-201ENST00000434905 287 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 SSXP5-201ENST00000443473 287 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AL021397.1-201ENST00000451806 248 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CFAP44-AS1-201ENST00000473329 396 ntTSL 2 BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC025518.1-201ENST00000479856 347 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 RNU6-579P-201ENST00000516879 102 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC025271.3-201ENST00000563031 255 ntTSL 5 BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MBNL1-206ENST00000357472 5256 ntTSL 5 BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MBNL1-223ENST00000498502 5258 ntTSL 5 BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 ADGRG4-203ENST00000394143 9931 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MINDY3-202ENST00000378036 2452 ntTSL 2 BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MTND5P18-201ENST00000445624 1801 ntBASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 FAP-201ENST00000188790 2780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.67□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AL356274.2-201ENST00000624379 3752 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 SPEF2-203ENST00000440995 5964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 EYS-202ENST00000342421 2168 ntTSL 1 (best) BASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 LPP-220ENST00000617246 18220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 KIAA0586-215ENST00000619722 5597 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 SNORA12.1-201ENST00000390873 148 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 SNORD17-201ENST00000390930 237 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC018634.1-201ENST00000437554 401 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 AC018495.1-201ENST00000440266 452 ntTSL 3 BASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 HMGN1P7-201ENST00000491722 313 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MRPS17P9-201ENST00000511924 393 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 U4.6-201ENST00000621618 127 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 MIR7153-201ENST00000637758 57 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 CEP170P1-201ENST00000502249 4587 ntBASIC3.66□□□□□ -1.82
USP4Q13107 IDE-202ENST00000371581 4480 ntTSL 2 BASIC3.66□□□□□ -1.82
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