Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
TCOF1Q13428 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TCOF1Q13428 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
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