Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC9Q9Y3X0 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.6 ms