Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
BRCA1P38398 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
BRCA1P38398 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.3 ms