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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | U2.17-201 | ENST00000611454 | 95 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIER3-204 | ENST00000381226 | 5210 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CCDC148-202 | ENST00000409187 | 2523 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CEP57L1-223 | ENST00000523787 | 2522 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.381-201 | ENST00000365666 | 102 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1127P-201 | ENST00000384580 | 107 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR597-201 | ENST00000384968 | 97 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL606923.1-201 | ENST00000406616 | 190 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.597-201 | ENST00000410463 | 100 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009310.1-201 | ENST00000414414 | 451 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | FAR2P3-204 | ENST00000434661 | 444 nt | TSL 2 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL354824.2-201 | ENST00000458004 | 446 nt | TSL 3 BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC087884.1-201 | ENST00000469738 | 328 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-377P-201 | ENST00000515965 | 102 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |