Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 RNU7-66P-201ENST00000459469 62 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MED28P2-201ENST00000475771 317 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RPL23AP49-201ENST00000492925 468 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MTCO2P30-201ENST00000503662 364 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-377P-201ENST00000515965 102 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU4-49P-201ENST00000516080 140 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-273P-201ENST00000516937 96 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 HSPE1P20-201ENST00000538133 289 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC243972.3-201ENST00000539655 198 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC027176.1-201ENST00000560204 514 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC009163.5-201ENST00000575421 637 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 LINC01900-203ENST00000585185 393 ntTSL 3 BASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL670379.10-201ENST00000604330 253 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL670379.9-201ENST00000605428 253 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 FAM157A-202ENST00000615155 405 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC009248.2-201ENST00000619826 254 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 U4.3-201ENST00000621047 82 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 CYLC1-202ENST00000621735 379 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 DUXAP9-208ENST00000622815 614 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MAP3K2-203ENST00000409947 10992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.76□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 ATP11C-201ENST00000327569 6115 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 CENPE-201ENST00000265148 8612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 CBX3P1-201ENST00000325243 554 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SPAG11A-202ENST00000326625 445 ntTSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-527P-201ENST00000363425 104 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL133475.1-201ENST00000404414 305 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNA5SP492-201ENST00000411330 114 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC138393.2-201ENST00000414742 246 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 VN1R36P-201ENST00000414936 291 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC009963.1-201ENST00000417265 157 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL355314.2-201ENST00000427182 436 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 UBBP3-201ENST00000445497 241 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC096733.1-201ENST00000503844 402 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SEM1P1-201ENST00000506694 209 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC010210.1-203ENST00000513905 260 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU5F-8P-201ENST00000515941 111 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SCARNA17.1-201ENST00000516211 143 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SCARNA17.2-201ENST00000516334 143 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RN7SKP256-201ENST00000517201 314 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC104576.1-201ENST00000524225 88 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AP005597.4-201ENST00000526762 229 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL121821.1-201ENST00000557067 530 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SCARNA17.4-201ENST00000614296 143 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 CHD1-201ENST00000284049 6457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 LIG4-203ENST00000442234 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 TTC6-201ENST00000267368 1681 ntTSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL161431.1-201ENST00000618966 4205 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AK9-203ENST00000368948 2478 ntTSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 OR2J3-203ENST00000641960 3342 ntAPPRIS P1 BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-827P-201ENST00000365553 106 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-214P-201ENST00000384130 107 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 HMGN2P35-201ENST00000412164 270 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 LINC01853-201ENST00000417715 444 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RPL21P111-201ENST00000418453 477 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 TTTY8-202ENST00000426035 518 ntTSL 1 (best) BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC004383.1-201ENST00000438135 289 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC011816.1-201ENST00000441346 546 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL359672.1-201ENST00000442302 409 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 OSTCP8-201ENST00000445117 448 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 Z96811.1-201ENST00000445880 108 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 TTTY8B-202ENST00000455570 518 ntTSL 1 (best) BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL354824.2-201ENST00000458004 446 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RPL7P43-201ENST00000478876 753 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 TRBVA-201ENST00000498804 316 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RN7SKP24-201ENST00000515888 284 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNA5SP320-201ENST00000516263 124 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-256P-201ENST00000516747 97 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC109479.2-201ENST00000517842 174 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SNORD53-201ENST00000579969 78 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MIR548S-201ENST00000581352 82 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MIR3942-201ENST00000585264 109 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL121917.1-203ENST00000605534 577 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RPL23AP88-201ENST00000605759 454 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 WT1-AS_8.1-201ENST00000615200 275 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC097372.5-201ENST00000623665 376 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 U4.7-201ENST00000638126 106 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 TEX9-207ENST00000560582 2005 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 FTX-214ENST00000638437 12267 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 TMPRSS11A-201ENST00000334830 3054 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC2.74□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SNORD56.1-201ENST00000362913 68 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-428P-201ENST00000362942 107 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SNORD56.5-201ENST00000364281 72 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-767P-201ENST00000384132 107 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-748P-201ENST00000384648 107 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 RNU6-510P-201ENST00000391239 108 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 OPRPN-201ENST00000399575 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MAGEA8-AS1-201ENST00000427671 476 ntTSL 3 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 MTND4LP16-201ENST00000440828 295 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AL360091.2-201ENST00000446847 650 ntTSL 5 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC019155.3-201ENST00000454957 600 ntTSL 2 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 PMCHL2-203ENST00000457791 237 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AP001324.2-201ENST00000461163 319 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 APOA2-205ENST00000468465 421 ntTSL 2 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 SNORA20.3-201ENST00000516880 132 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC090568.2-205ENST00000518631 576 ntTSL 4 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC109329.2-201ENST00000519658 482 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC099554.1-201ENST00000520032 572 ntTSL 3 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 AC087241.2-201ENST00000535801 324 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 CASC1-205ENST00000545133 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC2.73□□□□□ -1.97
USP41Q3LFD5 CR383656.8-201ENST00000549046 145 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.4 ms