Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 IFNA11P-201ENST00000446352 526 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MAPK1-204ENST00000544786 951 ntTSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC027288.1-203ENST00000552167 567 ntTSL 4 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC021231.3-201ENST00000558497 370 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC006504.5-204ENST00000592404 765 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MESTIT1_1.1-201ENST00000618871 140 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 DMD-229ENST00000619831 13734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ASAH2-201ENST00000329428 2184 ntTSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ARHGAP42P3-201ENST00000443989 2508 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MYO9A-209ENST00000564571 8111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC110491.1-201ENST00000562191 2010 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SYNE2-203ENST00000357395 21555 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ANKRD34C-201ENST00000421388 4951 ntAPPRIS P1 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SOCS5-201ENST00000306503 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MBNL1-224ENST00000545754 5147 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC092650.1-201ENST00000447571 1808 ntTSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC092593.1-201ENST00000515413 1815 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL136964.1-201ENST00000622038 2990 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ROBO2-213ENST00000614793 7662 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 FLG-AS1-205ENST00000445097 2857 ntTSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MTND5P35-201ENST00000557537 1720 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPL26-201ENST00000293842 524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.101-201ENST00000363154 102 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.272-201ENST00000364696 102 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 HDGFP1-201ENST00000405943 252 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU5E-9P-201ENST00000411164 104 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL139254.1-201ENST00000421114 376 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC004975.1-201ENST00000428733 208 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 FTH1P6-201ENST00000430768 320 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 LINC00459-201ENST00000431656 376 ntTSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 GSTA9P-202ENST00000448991 521 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC013248.1-201ENST00000455092 232 ntTSL 3 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-625P-201ENST00000459412 107 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC010618.1-201ENST00000469924 477 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RN7SL817P-201ENST00000480777 288 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC093893.1-201ENST00000505781 510 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-581P-201ENST00000516214 105 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AP000873.2-206ENST00000529811 429 ntTSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC092747.1-201ENST00000538920 351 ntTSL 5 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC018448.1-201ENST00000552843 316 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MIR5692C2-201ENST00000577959 77 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 LINC01533-202ENST00000588694 632 ntTSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC004467.1-201ENST00000615678 330 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC092628.2-201ENST00000622492 339 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 HERC4-204ENST00000395198 4445 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 THEMIS-205ENST00000626040 3179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ACSM3-201ENST00000289416 2845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC139713.2-215ENST00000641428 5037 ntBASIC4.7□□□□□ -1.66
USP4Q13107 CENPE-202ENST00000380026 8241 ntTSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 PIGN-210ENST00000588571 1960 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 USP29-202ENST00000598197 3284 ntAPPRIS P1 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-653P-201ENST00000363074 106 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-1285P-201ENST00000363480 105 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.179-201ENST00000363844 90 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MIR195-201ENST00000385194 87 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.580-201ENST00000391004 95 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MIR888-201ENST00000401186 77 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC004552.1-201ENST00000419089 348 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC012306.1-201ENST00000423267 114 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC012308.1-201ENST00000451232 178 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL365295.1-201ENST00000454942 514 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
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USP4Q13107 RPS26P3-201ENST00000470205 348 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC090543.2-201ENST00000483963 348 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC004057.1-201ENST00000485827 348 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RN7SL810P-201ENST00000493031 276 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ATP6V1G1P6-201ENST00000504007 334 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 LINC00491-204ENST00000513815 582 ntTSL 4 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RN7SKP21-201ENST00000516503 220 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AP001001.1-201ENST00000532422 826 ntTSL 3 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC243829.5-201ENST00000578447 247 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MIR3939-201ENST00000582614 106 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 TTC28-AS1_2.1-201ENST00000611117 157 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SLC2A2-201ENST00000314251 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SYTL2-217ENST00000528231 3536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RMDN2-203ENST00000402091 1973 ntTSL 2 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 CPHL1P-201ENST00000461341 3407 ntBASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC242426.3-202ENST00000607149 2397 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 EIF4E3-202ENST00000389826 6083 ntTSL 5 BASIC4.69□□□□□ -1.66
USP4Q13107 ATG12-208ENST00000509910 4333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 CD80-201ENST00000264246 2725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC108750.1-201ENST00000637986 2706 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 CNTN1-201ENST00000347616 5507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 OR9G4-203ENST00000641581 2603 ntAPPRIS P1 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 OR9G4-204ENST00000641668 2608 ntAPPRIS P1 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 NR3C1-206ENST00000424646 4591 ntTSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 MLH3-212ENST00000556740 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 DDR2-202ENST00000367922 10160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC092268.1-201ENST00000342691 405 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-600P-201ENST00000362524 99 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU5F-3P-201ENST00000363767 117 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.497-201ENST00000384447 98 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU2-51P-201ENST00000410708 197 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPS20P14-201ENST00000412545 360 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 NDUFS5P4-201ENST00000412983 318 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPS29P17-201ENST00000430795 166 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC011998.1-201ENST00000433403 117 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL158209.1-201ENST00000433460 439 ntTSL 3 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC105940.1-201ENST00000434265 353 ntTSL 3 BASIC4.68□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RPS15AP5-201ENST00000436276 388 ntBASIC4.68□□□□□ -1.66
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