Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3Q7Z494 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms