Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AL365265.1-201ENST00000621045 234 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 U2.21-201ENST00000637295 81 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PIK3CB-214ENST00000544716 3181 ntTSL 1 (best) BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RAD17P1-201ENST00000418130 2042 ntBASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PUS7L-207ENST00000551923 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ZNF808-201ENST00000359798 3600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SLC26A7-209ENST00000617078 5094 ntTSL 5 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-778P-201ENST00000363269 103 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC024067.1-201ENST00000426199 223 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC007969.2-201ENST00000441891 191 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC009237.7-201ENST00000447357 229 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 HMGN2P21-201ENST00000447764 270 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 UQCRBP2-201ENST00000447827 297 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPS4XP22-201ENST00000480755 780 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC093534.2-201ENST00000511418 420 ntTSL 3 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC025884.1-201ENST00000556034 378 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC019159.1-201ENST00000605094 187 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC015813.4-201ENST00000610469 179 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL021997.2-201ENST00000615674 271 ntBASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 LINC01002-202ENST00000631412 459 ntTSL 5 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ERICH3-AS1-202ENST00000612390 4874 ntTSL 1 (best) BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 R3HCC1L-201ENST00000298999 3379 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 STARD4-201ENST00000296632 4606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PRG4-203ENST00000367485 4765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RAD17-208ENST00000380774 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 POLR2B-203ENST00000431623 3666 ntTSL 2 BASIC4.81□□□□□ -1.64
USP4Q13107 EVI2B-201ENST00000330927 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 DMXL2-203ENST00000543779 10400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PPP1R9A-205ENST00000424654 4058 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 HSP90AA4P-202ENST00000506915 2228 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC093274.1-201ENST00000503488 5454 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SAMSN1-201ENST00000285670 2185 ntTSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 FAM35A-202ENST00000298786 3614 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 KCNT2-206ENST00000609185 3622 ntTSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MACF1-203ENST00000361689 17538 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RASA1-203ENST00000506290 3009 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC021146.4-201ENST00000309229 279 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU1-73P-201ENST00000383971 164 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SNORA36A-201ENST00000384221 132 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MIR659-201ENST00000384963 97 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MIR493-201ENST00000385254 89 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 Z98745.1-201ENST00000402553 494 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 U3.39-201ENST00000408569 239 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 Y_RNA.597-201ENST00000410463 100 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL358075.3-201ENST00000426289 226 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC010095.1-201ENST00000443543 144 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC125238.1-201ENST00000448842 249 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC098851.1-201ENST00000476561 570 ntTSL 4 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC020593.1-201ENST00000507399 299 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC107973.1-201ENST00000530249 576 ntTSL 4 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 LINC00944-201ENST00000536517 421 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC009120.5-201ENST00000561669 475 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MIR5571-201ENST00000577998 113 ntBASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AP001178.1-201ENST00000584679 268 ntTSL 3 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 EYA4-202ENST00000355286 4317 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ARHGAP42-203ENST00000524892 5685 ntTSL 5 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SYT16-205ENST00000568344 13978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ORC4-216ENST00000540442 6472 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 INPP4B-220ENST00000513000 8831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CCSER2-210ENST00000543283 5888 ntTSL 2 BASIC4.8□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ARHGAP42-201ENST00000298815 4752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SRP72P2-201ENST00000344851 1979 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU1-83P-201ENST00000363426 164 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RN7SKP280-201ENST00000364196 304 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU1-100P-201ENST00000365255 165 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-217P-201ENST00000384164 104 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 LINC01509-202ENST00000423523 408 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPL21P66-201ENST00000426566 466 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ARPP21-211ENST00000427542 568 ntTSL 4 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL136987.2-201ENST00000457321 684 ntTSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC005699.1-205ENST00000510639 427 ntTSL 2 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNA5SP497-201ENST00000516081 97 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CR383656.8-201ENST00000549046 145 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SNHG14-219ENST00000553134 470 ntTSL 2 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC113146.1-202ENST00000560259 433 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ATP5J2P6-201ENST00000565203 266 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL357075.2-201ENST00000614906 189 ntBASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 C2orf16-202ENST00000447166 16401 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CDH8-205ENST00000577730 8009 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ZNF28-204ENST00000457749 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SCN1A-202ENST00000375405 8097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AC024940.1-206ENST00000632817 4299 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RASAL2-203ENST00000462775 14453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 KLHL13-208ENST00000541812 3102 ntTSL 2 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SCN3A-209ENST00000639244 8854 ntTSL 5 BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 ERGIC2-201ENST00000360150 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.64
USP4Q13107 CNGB3-201ENST00000320005 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PTCD2-202ENST00000380639 11151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 MRPL42-202ENST00000393128 1983 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 PIGN-242ENST00000640145 4505 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNA5SP509-201ENST00000364577 119 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RNU6-213P-201ENST00000384051 104 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 SNORD96B-201ENST00000386148 79 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 U3.19-201ENST00000390893 196 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 Y_RNA.595-201ENST00000410403 105 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPL23AP26-201ENST00000412728 464 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 HMGN2P30-201ENST00000423237 256 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 RPL7AP25-201ENST00000423357 805 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 KCNJ6-AS1-201ENST00000435001 357 ntTSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.64
USP4Q13107 AL356535.1-201ENST00000440335 398 ntBASIC4.78□□□□□ -1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 175 ms