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| RUNX3 | Q13761 | PTP4A2-219 | ENST00000626355 | 606 nt | TSL 5 BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007785.2-201 | ENST00000598627 | 1916 nt | BASIC | 2.46 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF680P1-201 | ENST00000436625 | 1469 nt | BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC069528.2-201 | ENST00000624849 | 1991 nt | BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-946P-201 | ENST00000383878 | 107 nt | BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | VPS8-228 | ENST00000628962 | 207 nt | TSL 5 BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL691447.3-201 | ENST00000635020 | 330 nt | BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRRC6-212 | ENST00000618342 | 1754 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PLCZ1-209 | ENST00000539875 | 1398 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CRISP3-204 | ENST00000433368 | 2205 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.45 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZCCHC10-201 | ENST00000324170 | 2178 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATF2-204 | ENST00000409437 | 3697 nt | TSL 5 BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CCDC66-201 | ENST00000326595 | 3027 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR52E2-201 | ENST00000321522 | 978 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073343.1-201 | ENST00000328239 | 651 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1097P-201 | ENST00000363586 | 107 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.256-201 | ENST00000364594 | 104 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-641P-201 | ENST00000384006 | 107 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR325-201 | ENST00000385260 | 98 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD115-47-201 | ENST00000391226 | 86 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL591416.1-201 | ENST00000404015 | 867 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-39P-201 | ENST00000410604 | 198 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00368-201 | ENST00000422994 | 650 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092047.1-201 | ENST00000424997 | 240 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | GHRL-208 | ENST00000439975 | 326 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Z82210.1-201 | ENST00000440037 | 231 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP471-201 | ENST00000516971 | 106 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL049641.1-201 | ENST00000441055 | 1948 nt | BASIC | 2.44 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | USP45-208 | ENST00000500704 | 5826 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANKRD36BP1-202 | ENST00000604892 | 1417 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | SNORA62.1-201 | ENST00000364287 | 154 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-61P-201 | ENST00000365528 | 109 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | MIR181A1-201 | ENST00000385026 | 110 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAV40-201 | ENST00000390467 | 317 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-817P-201 | ENST00000391083 | 104 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL590664.1-201 | ENST00000448065 | 339 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |