Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LHX3Q9UBR4 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms