Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms