Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CTCFP49711 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CTCFP49711 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CTCFP49711 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CTCFP49711 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CTCFP49711 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CTCFP49711 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CTCFP49711 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms