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| RUNX3 | Q13761 | CADM2-AS1-201 | ENST00000476021 | 2656 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RTKN2-202 | ENST00000373789 | 6641 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNY4P24-201 | ENST00000362735 | 96 nt | BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB119-202 | ENST00000376315 | 324 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | LINC00976-201 | ENST00000625513 | 783 nt | TSL 3 BASIC | 2.74 | □□□□□ -1.97 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | ELF2P3-201 | ENST00000445099 | 1506 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC011460.1-201 | ENST00000636268 | 1834 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNF128-202 | ENST00000324342 | 2654 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PTPRC-202 | ENST00000367364 | 1017 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA40.3-201 | ENST00000390964 | 122 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-882P-201 | ENST00000391025 | 103 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP293-201 | ENST00000410527 | 113 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1073P-201 | ENST00000517182 | 106 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ASPH-224 | ENST00000522603 | 842 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02545-201 | ENST00000525381 | 306 nt | TSL 3 BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL512310.1-201 | ENST00000548639 | 172 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | SETP2-201 | ENST00000553886 | 926 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4528-201 | ENST00000577763 | 90 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC060771.1-201 | ENST00000582031 | 164 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005771.1-201 | ENST00000585581 | 349 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104984.5-201 | ENST00000586878 | 94 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087683.1-201 | ENST00000591187 | 441 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TPMTP1-201 | ENST00000592307 | 737 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL133393.1-201 | ENST00000603277 | 287 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC136601.2-201 | ENST00000604356 | 474 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNF219-AS1-205 | ENST00000605996 | 792 nt | TSL 5 BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC131902.3-201 | ENST00000611767 | 581 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6130-201 | ENST00000619419 | 109 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC099842.1-201 | ENST00000619919 | 596 nt | BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CAPZA2-214 | ENST00000628758 | 525 nt | TSL 5 BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SOCS4-201 | ENST00000339298 | 6667 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRRC39-201 | ENST00000342895 | 1881 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.73 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SPEF2-203 | ENST00000440995 | 5964 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.72 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-600P-201 | ENST00000362524 | 99 nt | BASIC | 2.72 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.41-201 | ENST00000362646 | 102 nt | BASIC | 2.72 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1181P-201 | ENST00000384191 | 106 nt | BASIC | 2.72 | □□□□□ -1.97 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA67.4-201 | ENST00000384688 | 142 nt | BASIC | 2.72 | □□□□□ -1.97 | | |