Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms