Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP4Q13107 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
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USP4Q13107 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
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USP4Q13107 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
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USP4Q13107 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
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USP4Q13107 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
USP4Q13107 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
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