Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL353748.2-201ENST00000622148 471 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP003122.6-201ENST00000623831 495 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL512506.2-201ENST00000624472 458 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
SHHQ15465 FLG-AS1-207ENST00000628475 497 ntTSL 5 BASIC2.52□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MIR219B-201ENST00000637023 88 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
SHHQ15465 CUL1P1-201ENST00000509510 2425 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 DEFB112-201ENST00000322246 342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 Y_RNA.40-201ENST00000362645 93 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 VTRNA1-1-201ENST00000363120 99 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 snoZ40.1-201ENST00000364540 72 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RNU6-707P-201ENST00000364647 95 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RNU6-1074P-201ENST00000383995 104 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SLC9B1P2-201ENST00000398120 1184 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AF130351.1-202ENST00000400562 808 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MTCO1P56-201ENST00000401674 224 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 ERHP2-201ENST00000402323 299 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL590084.1-201ENST00000407885 387 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RPS15AP38-201ENST00000413110 372 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL391839.1-201ENST00000417447 265 ntTSL 2 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 BLOC1S2P1-201ENST00000428431 301 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 TXNL1P1-201ENST00000429528 554 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 COX7BP2-201ENST00000437976 242 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL117351.1-201ENST00000438864 766 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL445567.1-201ENST00000439121 144 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 GSAP-208ENST00000441833 737 ntTSL 1 (best) BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 LINC00709-201ENST00000458168 494 ntTSL 2 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RPL21P131-201ENST00000497298 483 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC097478.1-204ENST00000509723 547 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RNU6-759P-201ENST00000516740 103 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 snoZ278.1-201ENST00000517059 112 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP005357.1-201ENST00000520749 476 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP003730.2-201ENST00000526385 546 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 HTN3-205ENST00000530128 775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC126177.3-201ENST00000551839 688 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MRPS36P5-201ENST00000551909 298 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC090695.1-201ENST00000561269 1222 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC109446.2-201ENST00000567872 497 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 LIVAR-201ENST00000578633 384 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MIR5708-201ENST00000579723 85 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SNORD39.3-201ENST00000584451 71 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC012313.1-202ENST00000597309 423 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 NIFKP6-201ENST00000598115 845 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC021171.1-201ENST00000603137 706 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC110609.1-201ENST00000608228 303 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP005137.2-201ENST00000609238 400 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC103710.2-201ENST00000609912 942 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL138880.2-201ENST00000616214 239 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 NEAT1-205ENST00000616315 483 ntTSL 2 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MIR6076-201ENST00000617521 113 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC243585.2-201ENST00000619099 508 ntTSL 3 BASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC040168.1-201ENST00000623594 991 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC090897.3-201ENST00000636973 1157 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC022336.2-201ENST00000568966 2538 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MAPK10-266ENST00000641066 6555 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 KLRF1-202ENST00000354855 838 ntTSL 1 (best) BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MT-ND2-201ENST00000361453 1042 ntAPPRIS P1 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SNORD113-6-201ENST00000363345 75 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 Y_RNA.192-201ENST00000363977 102 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RNU4-51P-201ENST00000364206 140 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SNORD82-201ENST00000365530 70 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SNORD88.1-201ENST00000408684 91 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RNA5SP38-201ENST00000410750 119 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 ZRANB2-AS2-201ENST00000411721 518 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SPA17P1-201ENST00000416656 452 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SSXP9-201ENST00000417503 292 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 LINC01065-201ENST00000417989 577 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC003075.1-202ENST00000419382 720 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 PCDH9-AS3-201ENST00000434073 479 ntTSL 2 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL589935.1-218ENST00000434683 529 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 U91324.1-201ENST00000442864 447 ntTSL 5 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC003001.1-201ENST00000443247 1135 ntTSL 5 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MTCYBP42-201ENST00000444653 1130 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC103975.1-201ENST00000482506 483 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC011352.3-201ENST00000505162 593 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MLLT10P2-201ENST00000506434 249 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 SAR1B-211ENST00000509937 455 ntTSL 5 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MTCO3P28-201ENST00000513351 515 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC022360.2-202ENST00000517308 407 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MTCYBP20-201ENST00000524239 1129 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP002428.1-201ENST00000527345 380 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 DEFB130C-202ENST00000530001 230 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL035078.2-201ENST00000533832 326 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL133372.3-201ENST00000553082 821 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC021979.1-201ENST00000553822 336 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL359233.1-201ENST00000554029 364 ntTSL 3 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC135628.1-201ENST00000568867 534 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC116003.2-201ENST00000579278 748 ntTSL 2 BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP001269.3-201ENST00000588718 329 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AL133507.1-201ENST00000605269 557 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MFSD8-245ENST00000641743 948 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 UGT2A2-201ENST00000604021 1544 ntTSL 1 (best) BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AC092881.1-201ENST00000638218 2733 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 LRRC70-201ENST00000334994 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 ELF1-201ENST00000239882 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 AP002907.1-201ENST00000606361 1430 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
SHHQ15465 FTX-214ENST00000638437 12267 ntTSL 5 BASIC2.49□□□□□ -2.01
SHHQ15465 MCMDC2-201ENST00000313616 2043 ntTSL 2 BASIC2.49□□□□□ -2.01
SHHQ15465 DYNC2H1-202ENST00000375735 13678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.49□□□□□ -2.01
SHHQ15465 RNU5D-1-201ENST00000363299 116 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
SHHQ15465 Y_RNA.318-201ENST00000365131 97 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98 ms