Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AP002799.1-201ENST00000623552 423 ntBASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 MAPK10-236ENST00000638313 3971 ntTSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SCRG1-201ENST00000296506 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 USP28-213ENST00000544967 3498 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 UACA-211ENST00000560441 4723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RUFY3-201ENST00000226328 4233 ntTSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PCDH15-217ENST00000414778 9234 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 PCDH15-227ENST00000614895 9249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 CPSF2-201ENST00000298875 13035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF382-204ENST00000439428 2742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SCN11A-202ENST00000444237 5729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 ZNF26-201ENST00000328654 17601 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.53□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL451142.2-201ENST00000429076 2090 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SDCBP-213ENST00000630925 2076 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 OR6C4-203ENST00000641851 4989 ntAPPRIS P1 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 TENM1-202ENST00000422452 12891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GABRG2-202ENST00000361925 3767 ntTSL 3 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CRISP1-201ENST00000329411 1709 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CACNB4-221ENST00000636130 7748 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC010132.3-201ENST00000442788 2430 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ARHGEF3-203ENST00000413728 3992 ntTSL 1 (best) BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.105-201ENST00000363182 111 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 U8.8-201ENST00000365399 135 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-338P-201ENST00000383888 105 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR105-1-201ENST00000385222 81 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR628-201ENST00000385229 95 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6ATAC7P-201ENST00000408111 127 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RPL21P38-201ENST00000418090 167 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL772161.1-201ENST00000439130 476 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AP000770.1-201ENST00000444123 583 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PLCXD2-AS1-201ENST00000493131 491 ntTSL 3 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC008958.1-201ENST00000511047 682 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6ATAC24P-201ENST00000516811 135 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC109329.1-201ENST00000518744 317 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AP002892.1-201ENST00000537727 550 ntTSL 4 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC010551.2-201ENST00000569200 416 ntTSL 3 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC01919-202ENST00000579506 384 ntTSL 3 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR4646-201ENST00000580775 63 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC087749.2-201ENST00000583910 352 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC067852.4-201ENST00000590314 478 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC073410.2-201ENST00000603240 332 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC123912.5-201ENST00000605470 343 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Mico1.1-201ENST00000611698 204 ntBASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC022893.1-201ENST00000517664 3549 ntTSL 2 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RAD21-210ENST00000523986 2506 ntTSL 2 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 TBC1D15-210ENST00000485960 2489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GTDC1-220ENST00000618778 2317 ntTSL 5 BASIC5.52□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PRUNE2-201ENST00000223609 2697 ntTSL 2 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SDR42E1-201ENST00000328945 11566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ADGRL2-209ENST00000370727 5164 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 TCP11X1-203ENST00000623912 1715 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CNTN5-201ENST00000279463 5925 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC128685.1-201ENST00000490357 1834 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ADAM7-202ENST00000380789 3358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 TRGC1-201ENST00000443402 2730 ntAPPRIS P1 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 DNAH5-201ENST00000265104 15633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CLUL1-213ENST00000620089 1947 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CTAGE5-219ENST00000640607 4239 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL157777.2-201ENST00000258070 137 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC092681.1-201ENST00000297369 291 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GNAS-202ENST00000306090 477 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.416-201ENST00000384014 113 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-611P-201ENST00000384276 104 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR550A3-201ENST00000390735 95 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SNORA69.1-201ENST00000390904 137 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL591034.2-201ENST00000402839 359 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC069079.1-201ENST00000419889 400 ntTSL 3 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC007098.1-201ENST00000420122 367 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL592078.1-201ENST00000421866 321 ntTSL 3 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC245427.2-201ENST00000438839 263 ntTSL 3 BASIC5.51□□□□□ -1.53
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USP4Q13107 AL441989.1-201ENST00000454204 382 ntTSL 3 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PRELID3BP1-201ENST00000457142 540 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ZIC4-AS1-201ENST00000462168 268 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC133134.1-201ENST00000466800 359 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
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USP4Q13107 RN7SL97P-201ENST00000486780 299 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RPS24P16-201ENST00000497294 392 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
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USP4Q13107 G2E3-AS1-202ENST00000550118 609 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL390726.5-202ENST00000564800 256 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC011447.4-201ENST00000587562 111 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL355877.2-201ENST00000603670 358 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC008814.1-201ENST00000603797 406 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 DLEU2_2.2-201ENST00000615474 90 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 U73479.1-201ENST00000618062 168 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC00923-207ENST00000619015 505 ntTSL 5 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Z99571.1-201ENST00000636677 394 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC073869.8-201ENST00000641806 335 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 EXPH5-201ENST00000265843 10187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC023421.1-201ENST00000590535 1785 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ALCAM-205ENST00000472644 4189 ntTSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 FAM91A3P-201ENST00000456826 2544 ntBASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CASC1-201ENST00000320267 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PUS7L-203ENST00000431332 1873 ntTSL 2 BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RAP1GDS1-206ENST00000453712 2470 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PRPF4B-201ENST00000337659 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ZNF418-205ENST00000595830 3543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.53
USP4Q13107 TMEM68-209ENST00000521229 2400 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
USP4Q13107 NCOA1-206ENST00000407230 4745 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.53
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