Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMCH1Q9UPQ0 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms