Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC87Q9NVE4 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms