Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms