Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC068790.4-201ENST00000602474 263 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC069307.1-201ENST00000602820 447 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC098479.1-201ENST00000609225 154 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC137590.2-201ENST00000619709 240 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL499616.1-201ENST00000415437 2633 ntTSL 2 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF347-201ENST00000334197 7960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 OR4F13P-202ENST00000560066 2054 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SAGE2P-201ENST00000420011 2126 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 NUP107-202ENST00000378905 2859 ntTSL 5 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 EBAG9-210ENST00000620557 2186 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ABCC13-202ENST00000463099 3842 ntBASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SON-204ENST00000381692 2463 ntTSL 1 (best) BASIC5.63□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RMDN2-204ENST00000406384 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC092376.2-201ENST00000622621 4116 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL022311.1-201ENST00000623726 19416 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF280B-201ENST00000613655 3714 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TSPAN6-204ENST00000612152 3796 ntTSL 5 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPL23P2-201ENST00000320371 421 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-249P-201ENST00000363016 102 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR625-201ENST00000385047 85 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 DUTP5-201ENST00000406790 469 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU2-43P-201ENST00000410306 190 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RN7SKP106-201ENST00000410832 272 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 HMGB1P27-201ENST00000431429 603 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL117341.1-201ENST00000437213 373 ntTSL 5 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 DAP3P1-201ENST00000441522 278 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 GAPDHP25-201ENST00000447061 1001 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL360271.2-201ENST00000447710 161 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPL7L1P1-201ENST00000448259 785 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL389915.2-201ENST00000454576 441 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 BX284632.1-201ENST00000478218 541 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 Y_RNA.687-201ENST00000516558 91 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-914P-201ENST00000516749 109 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-897P-201ENST00000517135 105 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 NDST1-AS1-201ENST00000519040 368 ntTSL 2 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC087369.1-201ENST00000520775 996 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AP002833.1-201ENST00000530572 566 ntTSL 3 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SNRPGP16-201ENST00000533275 226 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC02408-202ENST00000538573 559 ntTSL 4 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC02306-201ENST00000546412 529 ntTSL 3 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RRN3P3-201ENST00000549207 578 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC104534.1-201ENST00000594558 566 ntTSL 4 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC064801.1-201ENST00000612025 407 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR1244-1-201ENST00000612829 85 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR1244-3-201ENST00000635744 85 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR1244-2-201ENST00000636449 85 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR1244-4-202ENST00000636813 85 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SAMD9L-204ENST00000437805 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 CEP120-203ENST00000328236 4710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RIMS2-209ENST00000507740 8002 ntTSL 1 (best) BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 VPS50-202ENST00000305866 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF571-201ENST00000328550 4113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.62□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC068870.1-201ENST00000563737 2455 ntBASIC5.62□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 TNRC6B-202ENST00000335727 17933 ntTSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 USP8-201ENST00000307179 4243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 RNU4-50P-201ENST00000364361 141 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 KCNC4-201ENST00000369787 18750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 CEP83-202ENST00000397807 2737 ntTSL 5 BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 EPHA4-202ENST00000409854 3454 ntTSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC109779.1-201ENST00000414475 573 ntTSL 5 BASIC5.61□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 AP001605.1-201ENST00000420186 2603 ntTSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 SNORD125-201ENST00000459538 96 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 FAM107B-218ENST00000479731 570 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.61□□□□□ -1.51
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USP4Q13107 AL133279.1-202ENST00000556789 456 ntTSL 5 BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC020659.1-204ENST00000562920 400 ntTSL 3 BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR3691-201ENST00000578066 90 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RN7SL708P-201ENST00000580952 299 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC012603.1-201ENST00000606424 528 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL159153.1-201ENST00000619688 317 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SDR42E1P4-201ENST00000620894 481 ntBASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC01358-205ENST00000625548 874 ntTSL 5 BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LINC02246-205ENST00000627623 417 ntTSL 5 BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNMT-202ENST00000383314 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 IGSF10-201ENST00000282466 11067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SLC28A3-201ENST00000376238 4887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZBED6-202ENST00000550078 12481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.51
USP4Q13107 GPR1-201ENST00000407325 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 PRO1804-201ENST00000623780 2050 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LIX1-AS1-201ENST00000504578 1793 ntTSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC138409.2-201ENST00000514048 5001 ntTSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.51
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